Последний мой 30х заказ там (заказ июльский)
17.10.2019 - доставлено им
23.10.2019 - статус поменялся на Sequencing Started
15.11.2019 - всё еще идёт, но появилось 2 файла FASTQ - R1 и R2, каждый примерно 25 гб.
Сейчас скачаю и постараюсь сам сделать BAM.
Может кто-нибудь знает, как и FASTQ делать BAM только для Y и mtDNA? Или вообще только для mtDNA.
Поздравляю - FastQ - это уже фактически "всё готово"!
Ранее в этой же теме я схематично описывал
порядок действий для тех, кто сам хочет делать BAM
(однако, надо учесть, что секвенирование могло выполняться на разном оборудовании и если это учитывать, последовательность действий может быть дополнена (но для начала и то - сойдет)).
Вырезать же Y и mtDNA по-правильному удастся лишь после того, как будет получен полный BAM.
Теоретически, если взять референс, который содержат только Y и mt, то можно сразу пробовать маппить только в них.
Кстати, это интересный вопрос!
Но с другой стороны, ввиду сходства части областей Y с другими хромосомами, не факт, что получится корректный "вырез" сразу.