Компания Dante Labs

[NathanS]

Вчера получил е-мэйл от ДантеЛабс, что готовы результаты теста полученного в начале сентября. Два отчета по здоровью и фармакологии тоже были готовы вчера. Сегодня были загружены BAM-файлы на сайт. Получается они уложились в свои заявленные 8 недель. Вероятно наличие своей лаборатории позволило им придерживаться заявленных сроков.

BAM-файл существенно меньше, 34 ГБ, по сравнению с первыми тестами, 120 ГБ. Вероятно это связано с большей длинной рида. Было какое-то упоминание hg38, но я сегодня висит просто BAM - не знаю 38 билд это или нет. Но я пока загружаю результаты и не успел их просмотреть. Также существенно изменились их отчеты по здоровью и реакции на лекарства. Все более коротко и описаны только опасные отклонения. Плюс для тех, кто не хочет перечитывать массу информации о тех состояних, которые не актуальны для тестирующегося. Заказал на пробу их персонализированный отчет при помощи искуственного интеллекта. Хочу посмотреть разницу. Загрузка на yfull будет.

[NathanS]

BAM-файл существенно меньше, 34 ГБ, по сравнению с первыми тестами, 120 ГБ. Вероятно это связано с большей длинной рида. Было какое-то упоминание hg38, но я сегодня висит просто BAM - не знаю 38 билд это или нет. Но я пока загружаю результаты и не успел их просмотреть.

Просмотрел заголовок BAM-файла и не нашел там четкого упоминания референсного генома. Процедура выравнивания генома у них видимо изменилась. Собрав статистику по BAM-файлу, думаю, что это hg19/GRCh37:

1       249250621       44510974        69482
2       243199373       45724588        84904
3       198022430       36596151        57704
4       191154276       34391983        55064
5       180915260       33391762        53949
6       171115067       31602538        51140
7       159138663       29931649        46361
8       146364022       27752302        43937
9       141213431       23051912        34697
10      135534747       25410056        40093
11      135006516       25595721        38963
12      133851895       24978727        42700
13      115169878       17578095        28475
14      107349540       16983159        26680
15      102531392       16402275        24551
16      90354753        17308247        26922
17      81195210        16285916        25194
18      78077248        14071286        22740
19      59128983        12157476        19505
20      63025520        12158849        20224
21      48129895        7111282 10917
22      51304566        7662206 11298
X       155270560       14774689        35948
Y       59373566        2987656 4774
MT      16569   403797  770

Длина рида стала больше:

SN   average length:   141
SN   average first fragment length:   141
SN   average last fragment length:   141
SN   maximum length:   151
SN   maximum first fragment length:   151
SN   maximum last fragment length:   151
SN   average quality:   35.7

[mdn]

Вчера получил е-мэйл от ДантеЛабс, что готовы результаты теста полученного в начале сентября. Два отчета по здоровью и фармакологии тоже были готовы вчера. Сегодня были загружены BAM-файлы на сайт. Получается они уложились в свои заявленные 8 недель.

Пожалуйста, можете уточнить, в какой момент сменился статус на "Sequencing Started"? Сколько эта последняя стадия по времени заняла?

[NathanS]

Вчера получил е-мэйл от ДантеЛабс, что готовы результаты теста полученного в начале сентября. Два отчета по здоровью и фармакологии тоже были готовы вчера. Сегодня были загружены BAM-файлы на сайт. Получается они уложились в свои заявленные 8 недель.

Пожалуйста, можете уточнить, в какой момент сменился статус на "Sequencing Started"? Сколько эта последняя стадия по времени заняла?

Точно не могу. Статус изменился где-то в начале октября на Sequencing Started. Я не ожидал, что все пройдет так быстро, уже привык ждать. Где-то месяц в Quality Control. Последняя стадия Sequencing Started заняла может 3 недели, но точно не скажу. На мэйл никакие обновления статуса не приходили (когда тестировался в начале, то приходили) и я не записывал изменения статусов.

[mdn]

Пришёл результат Intro 4x.
Делали ровно 2 недели, статус не обновлялся (21 октября - получили, 25 октября поменяли статус на "Kit Received",  4 ноября выдали результат, статус поменялся на "Finished").
Сразу после этого можно посмотреть 2 отчёта базовых и скачать VCF.

Из VCF получилось достать митоднк (H1e скорее всего, по данным haplogrep.uibk.ac.at и dna.jameslick.com mthap), правильно это или нет - не знаю.

Попробовал plink и DNA Kit Studio 2.8 для конвертации в формат 23andme (3 разных варианта), gedmatch каждый раз выдаёт, что вместо ребенка - это сестра с пересечением в 2700-2800. Для более дальнего родства не такое сильное несовпадение.
Подожду BAM файл или FASTQ, может из них что-то более реальное получится достать.

[mdn]

Тот же Intro 4x.
В понедельник днём - начальный результат с VCF (SNP и Indel).
Вторник вечером - еще 2 VCF (CNV и что-то еще).
Среда вечером - FASTQ R1 и R2 (20 гб каждый)
Четверг вечером - BAM (20 гб)

BamDeal статистика (девочка):
#ID   Length   CoveredBase   TotalDepth   Coverage%   MeanDepth
1   249250621   221955859   2241274580   89.05   8.99
2   243199373   236104856   2291519659   97.08   9.42
3   198022430   194221826   1859468480   98.08   9.39
4   191154276   186638374   1728301243   97.64   9.04
5   180915260   175745684   1673761356   97.14   9.25
6   171115067   166756582   1597156474   97.45   9.33
7   159138663   153434835   1487997908   96.42   9.35
8   146364022   141330764   1369367867   96.56   9.36
9   141213431   114186762   1119817234   80.86   7.93
10   135534747   129253716   1290690007   95.37   9.52
11   135006516   130412836   1307149460   96.60   9.68
12   133851895   129858562   1268523973   97.02   9.48
13   115169878   95300694   888581322   82.75   7.72
14   107349540   87843774   860996242   81.83   8.02
15   102531392   79996070   809312638   78.02   7.89
16   90354753   77335729   873209365   85.59   9.66
17   81195210   77010661   831590323   94.85   10.24
18   78077248   74460303   718042436   95.37   9.20
19   59128983   55306480   621690764   93.54   10.51
20   63025520   59238733   628993885   93.99   9.98
21   48129895   34644781   353564696   71.98   7.35
22   51304566   34098755   387299468   66.46   7.55
X   155270560   148155109   1396235891   95.42   8.99
MT   16569   16569   3921325   100.00   236.67

mtDNA Server спокойно принял вырезку MT, сделанную WGS Extractor.
===
Statistics:
Overall Reads: 176,455
Filtered Reads: 153,004
Passed Reads: 23,451
Passed FWD Reads: 1,690,116
Passed REV Reads: 1,687,354

Mapping Quality OK: 25,864
Mapping Quality BAD: 1,101
Unmapped Reads: 0
Wrong Reference in BAM: 149,490

Base Read Quality OK: 3,377,470
Base Read Quality BAD: 113,647

Bad Alignment: 15
Duplicates: 2,398
Short Reads (<25 bp): 0
===
По его же графику покрытия - минимум 70 глубина, в среднем 200.

[505]

Я новичок на этом форуме.

У DanteLabs в этом году появилось исследовани с long read на оборудовании Oxford NanoPore, вопрос обчсуждался на 24-25 страницах.
Я просмотрел все лаборатории сертифицированные Oxford NanoPore, Dante Labs единственная явно указывающая ценик на wgs. Остальные тоже запрошу конечно.

Судя по сообщениям некоторые из участников форума собирались или заказали это исследование.
Уважаемый Mich Glitch дайте совет, NathanS , возможно вы тоже заказали, если да, то какие у вас впечатления от результата?
Я хочу заказать и мне важно мнение знатоков вопроса и тех кто уже воспользовался этой услугой.
Действительно ли как заявлено длина прочтений N50>20,000bp?
Насколько резульатат применим для картирования при самостоятельной сборке де ново?

[Mich Glitch]

Ещё ничего не могу посоветовать.
Заказанный 500 МБ накопитель с ВАМ файлом ещё не получил.
Как придёт, загружусь в ИгрекФулл (игрек+мито) и ГедМатч (аутосомы), и доложусь в этой ветке по качеству теста.

[505]

Ещё ничего не могу посоветовать.
Заказанный 500 МБ накопитель с ВАМ файлом ещё не получил.
Как придёт, загружусь в ИгрекФулл (игрек+мито) и ГедМатч (аутосомы), и доложусь в этой ветке по качеству теста.

Спасибо, будем ждать ваших результатов.

[Kote]

MyTrueAncestry and Dante Labs have teamed up to offer the LOWEST Whole Genoming Sequency price EVER on the planet!
Dante Labs Sale runs SUNDAY + MONDAY only: pay $180 (normally $650) for 30x Whole Genome Sequencing using the coupon code MYTRUEANCESTRY10
This is for advanced users who want the best in raw DNA testing to maximize their MTA experience.
A single Dante Labs 30x result file contains your entire genome - no other test lab comes close.

MyTrueAncestry и Dante Labs объединились, чтобы предложить самую низкую цену секвенции всего генома, когда-либо существовавшую на планете!
Продажа Dante Labs проходит только в воскресенье + понедельник: заплатите $ 180 (обычно $ 650) за 30-кратное секвенирование всего генома с использованием кода купона MYTRUEANCESTRY10
Это для продвинутых пользователей, которые хотят получить лучшее в тестировании сырой ДНК, чтобы максимизировать свой опыт MTA.
Один файл результатов Dante Labs 30x содержит весь ваш геном - ни одна другая тестовая лаборатория не подходит близко.

Код купона: MYTRUEANCESTRY10

[Tambio]

за 30-кратное секвенирование всего генома

И как это понять в переводе на обычный русский язык?

[Kote]

30X
Глубина покрытия (глубина секвенирования) – число чтений, содержащих тот или иной нуклеотид генома (или транскрипта)

Можете задать вопрос напрямую: https://www.dantelabs.com/pages/contact

Успехов Вам )

[mdn]

В течение ближайших 3 лет DanteLabs планируют сделать 100 тысяч анализов полных геномов.

https://www.dantelabs.com/blogs/news/dante-labs-announces-ulysses-the-new-100-000-mediterranean-inclusive-reference-genome-project

(Там "11 ноября - сегодня", но статья вчерашняя или позавчерашнея)

[mdn]

И как это понять в переводе на обычный русский язык?

В переводе на русский - у вас будут файлы, которые вы сможете в спец медицинских лабораториях обработать и получить информацию о многом. В некоторых местах можно даже бесплатно.

Для генеалогических целей - все руками, на FTDNA не залить ничего (аутосомы на короткое время можно, потом вынесут с предупреждением). На другие сервисы - возможно сильно пониженное совпадение по быстрым алгоритмам.

Y и мито можно будет залить на YFull, например, за деньги.

Но когда действительно много людей будут этим заниматься, то может наконец появится и нормальный софт, и все остальное.

[Tambio]

В переводе на русский - у вас будут файлы, которые вы сможете в спец медицинских лабораториях обработать и получить информацию о многом. В некоторых местах можно даже бесплатно...
Но когда действительно много людей будут этим заниматься, то может наконец появится и нормальный софт, и все остальное.

Понятно. Значит, пока воздержусь.