АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 168680 раз)

0 Пользователей и 5 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #405 : 04 Октябрь 2019, 06:02:24 »
С контигом, обозначенным именно chrM? Проверил в трех имеющихся на руках -WGZ.snp.vcf.gz файлах - ни в одном нету (правда, потом сообразил, что в данных от 23andMe тоже есть мой подробный мт-генотип, сличил те данные с YFull, и понял, что там за субклада).
Да, так. Оттуда и взял мутацию T16093C, в остальном совпало с определённой 23andMe U4a1a. Видимо, какая-то разница в продуктах, зато BAM уменьшенный ;D Брал на Чёрную Пятницу.

Я один фиг генерил BAM самостоятельно - коли есть FASTQ, то лучше всегда самому исходные данные обрабатывать.
Пока так и не дошли руки. Всё равно игрек и аутосомы у меня сделаны ранее, а мито посмотрел по vcf.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #406 : 04 Октябрь 2019, 07:27:44 »
а мито посмотрел по vcf.
Цитировать
##contig=<ID=chrM,length=16571,assembly=hg19>
Судя по указанному контигу, мито выравнивалось по рефу йоруба, там позиции несколько отличаются от принятого везде rCRS или RSRS (в некоторых позициях сдвиг на два нуклеотида). Есть табличка соответствий для перегонки значений.

В VCF от Данте вроде всегда должно быть мито.
С VCF удобнее работать через bcftools, предварительно создав индекс.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #407 : 04 Октябрь 2019, 08:19:51 »
Судя по указанному контигу, мито выравнивалось по рефу йоруба, там позиции несколько отличаются от принятого везде rCRS или RSRS (в некоторых позициях сдвиг на два нуклеотида). Есть табличка соответствий для перегонки значений.
Да, там были сдвиги при сравнении с деревом YFull и файлом от 23andMe. 16093 это с вычетом единички, т.к. в ближайших позициях был сдвиг на 1 и внутри U4a1 как раз есть ветвь с этим снипом. С поиском таблицы поленился заморачиваться.

PS онлайн-предиктор https://dna.jameslick.com/mthap/ сдвиги корректно распознал (создавал текстовый файл формата 23andMe),
« Последнее редактирование: 04 Октябрь 2019, 08:54:19 от Srkz »

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #408 : 04 Октябрь 2019, 09:05:48 »
Табличка тут

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #409 : 04 Октябрь 2019, 18:25:30 »
Имею результаты ЛонгРид.

Вопросы:

1. Что и как лучше заливать в ИгрекФулл?

2. Каким интсрументом лучше обрезать ВАМ файл для отправки в ИгрекФулл?

3. Может лучше отправлять ВАМ файл в ИгрекФулл необрезанным? (Расширить на месяц свой ГуглДрайв. Загрузить файл. Отправить в ИгрекФулл ссылку.)

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5993
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #410 : 04 Октябрь 2019, 18:38:52 »
Имею результаты ЛонгРид.

Вопросы:

1. Что и как лучше заливать в ИгрекФулл?

2. Каким интсрументом лучше обрезать ВАМ файл для отправки в ИгрекФулл?

3. Может лучше отправлять ВАМ файл в ИгрекФулл необрезанным? (Расширить на месяц свой ГуглДрайв. Загрузить файл. Отправить в ИгрекФулл ссылку.)
1. Я видел один ЛонгРид от Данте. Или мы не смогли его нормально обработать, или это очень слабый тест.) Заливайте - посмотрим. Если что вынесем вердикт и удалим.
2. samtools
3. Без проблем - скачаем, обрежем и обработаем.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #411 : 04 Октябрь 2019, 18:44:56 »
Спасибо!

Буду заливать всё целиком. И отсылать Вам ссылку.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #412 : 04 Октябрь 2019, 18:48:34 »
Не очень понятно по качеству теста. Так как ЛонгРид позиционировали именно, как сильно продвинутый именно по качеству, в сравнении с предыдущим тестом Данте Лабз.

Собственно, поэтому и заказался второй раз.    :)

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 71
  • Страна: 00
  • Рейтинг +47/-1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #413 : 04 Октябрь 2019, 21:06:10 »
Не очень понятно по качеству теста. Так как ЛонгРид позиционировали именно, как сильно продвинутый именно по качеству, в сравнении с предыдущим тестом Данте Лабз.
Качество прочтения у машин ONT как раз очень низкое, а вот зато можно надеяться сфазировать отцовские-материнские хромосомы (что меня, например, сильно волновало из-за специфически ашкеназской проблемы случайных совпадений по СНИПам - ибо между СНИПами из поколения в поколение накапливается много редких вариантов, наличие или отсутствие которых позволило бы датировать реальную глубину до общего предка на каждом совпадающем по СНИПам сегменте). Но, как я уже писал, никто из моих интересных совпаденцев не клюнул на Данте, поэтому практический интерес у меня пока пропал.



Оффлайн MCB

  • Сообщений: 71
  • Страна: 00
  • Рейтинг +47/-1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #414 : 04 Октябрь 2019, 21:30:46 »
Видимо, какая-то разница в продуктах, зато BAM уменьшенный ;D Брал на Чёрную Пятницу.
Тaк и я тогда же )). Скачал опять _WGZ.snp.vcf.gz файл. Размер файла сильно изменился с прошлого раза
151513376 Oct  4 ...
224773493 May  8 ...

но тэг по прежнему только в хедере:
gzip -dc ...._WGZ.snp.vcf.gz | grep chrM | more
##contig=<ID=chrM,length=16571,assembly=hg19>

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #415 : 04 Октябрь 2019, 23:22:06 »
Не вполне понятно.

Был полный сиквенс от Данте Лабз.
Сделал. Загрузился (ИгрекФулл, ГедМатч).

Потом та же ДантеЛабз анонсировала новый тест. ЛонгРид полный сиквенс.
Все восторженно зацокали языком и одобрительно закивали головами. Мол, крутая вещь (см. обсуждение В ЭТОЙ ветке).

:)


Заказал. Сделал.

А теперь оказывается, что всё это ерунда-с.

:o


Не очень понятно, почему Данте Лабз продолжает продавать этот тест по цене дороже обычного.

Ну, да и ладно.


::)

Оффлайн MCB

  • Сообщений: 71
  • Страна: 00
  • Рейтинг +47/-1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #416 : 04 Октябрь 2019, 23:53:28 »
крутая вещь (см. обсуждение В ЭТОЙ ветке).
Крутая вещь, безусловно. Совершенно новая технология на основе нанопор (которая много лет разрабатывается, но до сих пор хромает, страдает слабой воспроизводимостью, типа то всё хорошо вышло, то провал). Может находить более длинные инсерции, делеции, перестановки в ДНК, практически недоступные обычным технологиям секвенирования, которые могут иметь исключительное медицинское значение. Может даже обеспечить фазировку аутосом.

Но если вам нужны СНИПы для сравнения с BigY, то никакого преимущества в длинных ридах не должно быть.

А насчет обсуждения ранее в этой теме - вы не можете ткнуть пальцем, хоть на каких страницах из 30 это? Я на этом форуме совсем новичок, и можно ли делать поиск внутри темы - пока еще не понял. Поиск по всему форуму на слово лонгрид или longread ничего такого не обнаруживает, а перелистывать аж 30 страниц за отсутствием результатов поиска не могу себя заставить ((

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #417 : 05 Октябрь 2019, 00:03:13 »
Вас тогда (при обсуждении) не было.
Какая теперь разница, кто что говорил.

:)


Меня полный сиквенс интересует преимущественно для аутосомного сравнения.

Вопрос формулирую так: как глубоко и с какой точностью можно оценить степень родства двух протестированных по полногеномному сиквенсу?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #418 : 05 Октябрь 2019, 00:05:37 »
Игрек хромосома интересует сл. образом:

Можно ли использовать тест Данте Лабз в качестве эконом альтернативы ФТДНА?

Для себя ответ имею: можно, но не нужно.  ::)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #419 : 05 Октябрь 2019, 00:50:16 »
У меня вопрос к Владимиру.

Правильно ли понимаю, что сейчас при наличии нескольких результатов по одному тестируемому, просто выбирается лучший?

То есть, никакой объединённый файл не создаётся?

И не планируется?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.