АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 168600 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1331
  • Страна: ua
  • Рейтинг +787/-6
    • http://r1b-pf7562.blogspot.com/
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #360 : 26 Апрель 2019, 21:05:07 »
P.S. Касательно жесткого диска... Не исключено, что он может и не потребоваться.
На сайте sequence.com в описании Dante Labs появилась фраза (https://sequencing.com/dante-labs):

"New! Your raw data and genetic reports can now be securely imported into your Sequencing.com account.
Click here to email your request to Dante Labs. Please make sure to include your Dante Labs Kit ID# with your request."


При нажатии на ссылку формируется письмо вида:

Цитировать
Request to import my data into my Sequencing.com account

Hi Dante Labs,
My Dante Labs Kit ID# is:
My email address is:
Please import a copy of all of my raw genetic data (paired fastq, bam and vcf files) into my Sequencing.com account.
Thank you!

Подтвердилось: 25-29 апреля цена полногеномного тестирования у Dante Labs составляет 199 евро с гарантией обработки за 90 дней и возможностью скачать BAM, не заказывая жёсткий диск:
https://www.dantelabs.com/blogs/news/whole-genome-offer-for-dna-day-2019

На Антрогенике сегодня пишут:

They are able to transfer VCF files only.

I used the form above and I received the following reply yesterday:

Hello Petr,

Thanks for your message,

Your Raw data is being uploaded to your sequencing.com account. Please take note these are only VCF files.

FASTQ and BAM files (~100 GB each) can only be delivered via a 512 GB HD. You can purchase one here: https://www.dantelabs.com/products/5...-your-raw-data

Please let me know if you have any questions.

Kindest regards,

Mark

https://anthrogenica.com/showthread.php?12075-Dante-Labs-(WGS)&p=564153&viewfull=1#post564153

Оффлайн TK

  • Сообщений: 505
  • Страна: ru
  • Рейтинг +385/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #361 : 10 Май 2019, 08:05:55 »
По косвенной информации, Dante Labs выложили результаты очередной партии анализов от распродажи "чёрной пятницы". Писем ещё не было, но можно зайти в свой профиль и там посмотреть. В этой партии как раз должно быть приличное количество заказов из России.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #362 : 10 Май 2019, 08:20:49 »
По косвенной информации, Dante Labs выложили результаты очередной партии анализов от распродажи "чёрной пятницы". Писем ещё не было, но можно зайти в свой профиль и там посмотреть. В этой партии как раз должно быть приличное количество заказов из России.
Спасибо, у меня пока пусто.

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-1
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Y35123
  • мтДНК: H1b2c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #363 : 10 Май 2019, 19:23:18 »
По косвенной информации, Dante Labs выложили результаты очередной партии анализов от распродажи "чёрной пятницы". Писем ещё не было, но можно зайти в свой профиль и там посмотреть. В этой партии как раз должно быть приличное количество заказов из России.
у меня тоже пусто но после отправки запроса на загрузку в sequencing.com пришло письмо что в течении 24 часов загрузят vcf
« Последнее редактирование: 11 Май 2019, 07:50:10 от bulatv2 »

Оффлайн ilpo

  • Сообщений: 41
  • Страна: fi
  • Рейтинг +9/-0
  • Y-ДНК: N-NY68373
  • мтДНК: U8a1a1b1c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #364 : 10 Май 2019, 22:51:32 »
Михаилу - просьба. Если все-таки получите результаты, то провалидируйте их по уже сделанным Вами тестам (бигигрек, автосомы - что есть) и дайте нам обратную связь - сошлось ли или нет. Я действительно рассуждал о возможности поддельных результатов тестов. Но может речь идет о вбросе со стороны конкурентов.

Я знаю несколько человек, которые заказали тест WGS. Все ок. Один человек взял результаты YFull, и они сработали. Я на самом деле заказал тест Dante Labs WGS.

Оффлайн evgivanov

  • Сообщений: 465
  • Страна: ru
  • Рейтинг +175/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP682+, YP1261+)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #365 : 10 Май 2019, 23:08:42 »
]В принципе можно _легко_ сделать файл типа 23andMe для корректной загрузки на гедматч из bam файла от Данте.
Совместно с уважаемым Daemon2017 мы составили небольшую инструкцию как вырезать из bam'а Y и MT на компьютере с Win 10. Можно дополнить и тем как создать VCF для загрузки на Гедматч.
Беда только в том, что инструкция состоит из картинок и наборов технических фраз. Возможно кто-то "причешет" ее?)))
Думаю это поможет всем клиентам Данте.

Присылайте мне. Вот только в ближайшее время скорее всего заняться ей не получится, так как на мне сейчас два достаточно объёмных дела, и ко второму ещё даже не приступал ;D Может быть, кто-то более оперативно сработает.

В прошлом году я делал файл аутосомы + X формата FTDNA на основе VCF от YSeq, но специфическими наколенными методами, инструкцию для использования на их основе не составить. После добавления отсутствующих снипов из референса результаты этнокалькуляторов полностью нормализовались, но вот поиск родственников, как по мне, стал даже хуже - часть сегментов разорвалась.
Набросок руководства тут.

перепост из группы на фэйсбуке:

The beta version of the program "WGS Extract" is now available for download:

http://37.187.22.93/wgsextract/WGSExtractBeta.zip

Source is enclosed.

Here is a description of the software from an earlier post:

"

The idea is that you just need to download the package and install it with one click. All the tools and reference genomes for hg19 and hg38 are already included. The program asks what you want to do (e.g. upload just the part with the Y-Chromosome to Y-DNA Warehouse? Or maybe extract a 23andmeV3 file for an upload to Gedmatch?), then calls the needed tools in the background, and eventually the user has nothing else to do than waiting for the results. The attached screenshots should show the idea.

From a technical perspective, the program is just a GUI that calls Windows compiled versions of the latest samtools etc. in the background. Nothing big, but maybe useful for some non-tech-savvy genealogists. It will be published as open source.

"

The software has still got Beta status. Please report if you find any bugs.

There are several features planned for future version, especially regarding the part of autosomal extraction.

There are also great projects by others, that are very useful for examining your WGS results:

BAM Analysis Kit, 2019 update - very interesting if you have got the BAM file:

https://github.com/teepean/BAM-Analysis-Kit

DNA Kit Studio - the new version 2.2 now supports gVCF format:

http://dnagenics.com/dna-kit-studio/

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #366 : 12 Май 2019, 07:53:59 »
По косвенной информации, Dante Labs выложили результаты очередной партии анализов от распродажи "чёрной пятницы". Писем ещё не было, но можно зайти в свой профиль и там посмотреть. В этой партии как раз должно быть приличное количество заказов из России.
Спасибо, у меня пока пусто.
Появились ссылки на VCF, отчёты по реакции на лекарства и наследственным заболеваниям. Итого чуть больше 90 дней с момента получения и около полугода на всю историю :)

Оффлайн TK

  • Сообщений: 505
  • Страна: ru
  • Рейтинг +385/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #367 : 12 Май 2019, 15:29:26 »
Кажется, можно чуть обождать с заказами HDD. FastQ и BAM совсем скоро могут стать доступными для скачивания в кабинете. (Они могут появляться не сразу, а по мере выкладывания - рекомендую подождать недельку после появления ссылки на VCF).

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #368 : 16 Май 2019, 08:16:08 »
Кажется, можно чуть обождать с заказами HDD. FastQ и BAM совсем скоро могут стать доступными для скачивания в кабинете. (Они могут появляться не сразу, а по мере выкладывания - рекомендую подождать недельку после появления ссылки на VCF).
Для порядка отпишусь, что файлы FastQ и BAM (31.6 Gb) появились позавчера.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #369 : 16 Май 2019, 08:21:50 »
Что-то ВАМ маловат. У меня, если не забыл, 104 ГБ было.    ???

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #370 : 16 Май 2019, 09:28:33 »
Что-то ВАМ маловат. У меня, если не забыл, 104 ГБ было.    ???
С покрытием 30 примерно такого размера (~30 Гб) и ждал, 104 это очень круто.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 984
  • Страна: aq
  • Рейтинг +170/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #371 : 16 Май 2019, 09:43:21 »
А кто скажет чайнику Данте Лабс в стиле 23эндми делает ауточсомы там и медицина, митогаплу и пр. моменты там про глаза и волосы и пр. также полно или примерно? То есть полный геном дантелабс полностью заменит тест 23эндми?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #372 : 16 Май 2019, 10:54:40 »
А кто скажет чайнику Данте Лабс в стиле 23эндми делает ауточсомы там и медицина, митогаплу и пр. моменты там про глаза и волосы и пр. также полно или примерно? То есть полный геном дантелабс полностью заменит тест 23эндми?
В прямом виде большей части таких "фишек" нет, надо вытаскивать информацию из исходных данных через сторонние сервисы или самостоятельно. Посмотрите примеры отчётов на сайте компании. Очень много про реакции на лекарства + отчёт по генетическим болезням.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 505
  • Страна: ru
  • Рейтинг +385/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #373 : 16 Май 2019, 11:15:46 »
Что-то ВАМ маловат. У меня, если не забыл, 104 ГБ было.    ???
Похоже, там (по крайней мере сейчас) применили какое-то сильное волшебство для уровней градации качества прочтения в исходных FastQ - вместо почти 40 уровней качества прочтения, используемых Illumina/Sanger, у них представлены лишь 3 - то есть, фактически, для качества прочтения каждого снипа есть 3 варианта: "ну как-то прочитали", "сгодится" и "отлично". Соответственно, всё в объеме сильно сокращается на всех этапах.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #374 : 19 Май 2019, 16:02:10 »
В свежей статье Луи Кесслера "Создание файла исходных данных из файла WGS BAM" рассказывается о новой программе WGS Extract (для Windows, 1,79 ГБ, бета-версия), позволяющей из BAM-файла Dante Labs сформировать файл исходных данных в формате 23andMe v3, а также файл BAM, содержащий только Y-ДНК и мтДНК, для загрузки на YFull.

Спасибо за подсказку.
Сейчас попробую сгенерировать 23andMe v3 файл из ВАМ файла.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.