АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 22812 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 5293
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2039/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #255 : 09 Январь 2019, 10:34:35 »
Набросок руководства тут.
Отлично ) Хорошо бы ещё часть про создание файла 23andMe/FTDNA

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2420/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #256 : 09 Январь 2019, 10:42:59 »
Набросок руководства тут.
Отлично ) Хорошо бы ещё часть про создание файла 23andMe/FTDNA
Томас Кран из YSEQ написал скрипт, который надо будет запускать из окружения Linux.
Он работает с hg19, то есть подходит для Dante Lab "из коробки". Я переписал его, модифицировав для работы с hg38. Если надо будет, то поищу.
Работа со скриптом подробно описана, но если будут вопросы, то помогу.
https://github.com/tkrahn/extract23
Из минусов - из результатов исключены инделы, но это мелочь

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2420/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #257 : 09 Январь 2019, 12:06:00 »
Он работает с hg19, то есть подходит для Dante Lab "из коробки". Я переписал его, модифицировав для работы с hg38. Если надо будет, то поищу.
Работа со скриптом подробно описана, но если будут вопросы, то помогу.
Также есть возможность создать свой набор снипов аля molgen.vcf v1)))

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33970
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2796/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #258 : 09 Январь 2019, 16:49:39 »
Владимир, спасибо за инструкцию!

Вопрос у меня такой: как по Вашему, сильно будет подтормаживать резка, если в качестве корневого каталога буду использовать внешний накопитель?

Дело в том, что на самом компьютере в дисках у меня осталось самое большее 166 ГБ. Опасаюсь, что этого может не хватить.
Вот и планирую резать непосредственно на 500 ГБ диске, который обещали выслать.


*** Правду сказать, вообще бы предпочёл отправить ВАМ файл целиком. Ну, нет у меня к себе доверия.    :-X

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5167
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2420/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #259 : 09 Январь 2019, 17:51:50 »
Владимир, спасибо за инструкцию!

Вопрос у меня такой: как по Вашему, сильно будет подтормаживать резка, если в качестве корневого каталога буду использовать внешний накопитель?

Дело в том, что на самом компьютере в дисках у меня осталось самое большее 166 ГБ. Опасаюсь, что этого может не хватить.
Вот и планирую резать непосредственно на 500 ГБ диске, который обещали выслать.


*** Правду сказать, вообще бы предпочёл отправить ВАМ файл целиком. Ну, нет у меня к себе доверия.    :-X
Михаил, я думаю сильно тормозить не должно, если будет подключен через SATA или USB3. Но главное перед экспериментами сохранить оригинальный файл в безопасное место :)

*** В YFull можно и целый отправить. Кроме как на скорости приема заказа это ни на чем другом не скажется.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 33970
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2796/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #260 : 09 Январь 2019, 18:20:17 »
Спасибо.
Увы, не SATA, и не USB3.
Скорее всего USB2. (Компьютер 2010 года. Менять его не собираюсь, так как использую только Древо Жизни и офисные программы.)

*** Однозначно буду отсылать файл целиком.     :)

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 986
  • Страна: ru
  • Рейтинг +161/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #261 : 10 Январь 2019, 02:41:06 »
да сделайте же, в конце-концов, скрипт на том же python.
Есть возможность его выложить на хостинг, чтобы в онлайне данные обрабатывались.
На хостинг, чтоб гонять через него 100-120Гб файлы?))
Та пофиг ) можно и 100-120 гиб. Правда тогда лучше грузить на дропбокс и скрипту давать ссылку на уже загруженный файл, чтобы самому не насиловать себя и свой интернет канал ) но это технические детали

Оффлайн Redline

  • Сообщений: 3
  • Страна: kz
  • Рейтинг +1/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #262 : 10 Январь 2019, 16:33:12 »
1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?
2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?
3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   
1) до 6 месяцев при температурах (-4ºF to 122ºF or -20ºC to 50ºC)
https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/202904560-Time-and-temperature-guidelines
2) большинство тут не запаривается и отправляет обычной почтой. через shipito надежнее будет.
3) можно написать plastic tubes для таможни. или sample plastic tubes
Спасибо, у нас тут просто с 1 января внесли изменения в закон о почте о том, что физ. лицам все посылки необходимо приносить в отделение почтовой связи в открытом виде. А как Shipito из России отправляет, я так понимаю через FedEx? И FedEx разве не проверяет содержимое при заборе посылки?

Оффлайн Redline

  • Сообщений: 3
  • Страна: kz
  • Рейтинг +1/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #263 : 10 Январь 2019, 16:38:51 »
1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?
Dante Labs используют набор Oragene DNA OG-500 с заявленной устойчивостью образца при комнатной температуре в несколько лет.

2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?
Напрямую государственной почтой - наименее проблемный вариант.

3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   
Я отправлял в пластиковом контейнере, в котором она пришла. У нас на почте, как правило, не интересуются, что отправляется. При необходимости всегда можно воспользоваться другим отделением. Как отмечено выше, в таможенной декларации достаточно указать "Plastic Tube".
Спасибо, у нас тут просто с 1 января внесли изменения в закон о почте о том, что физ. лицам все посылки необходимо приносить в отделение почтовой связи в открытом виде.

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2368
  • Страна: ru
  • Рейтинг +680/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #264 : 10 Январь 2019, 18:07:07 »
Спасибо, у нас тут просто с 1 января внесли изменения в закон о почте о том, что физ. лицам все посылки необходимо приносить в отделение почтовой связи в открытом виде.

формально это правило есть и Почты России.

Цитировать
А как Shipito из России отправляет, я так понимаю через FedEx?

Все равно как, любой службой. Посылка идет на адрес в США, например, или Европы. Т.е. на склад.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 115
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #265 : 11 Январь 2019, 18:20:06 »
А как Shipito из России отправляет, я так понимаю через FedEx?
Shipito из России ничего никуда не отправляет, у них здесь даже представительства нет. Можно только самостоятельно что-либо отправить на один из их складов в США или Австрии. Но в данном случае это не имеет никакого смысла, доступны те же способы и условия отправки, что и напрямую в Италию. Наиболее лояльные условия у государственной почты.

Оффлайн Pamir

  • Сообщений: 21
  • Страна: mt
  • Рейтинг +11/-0
  • Y-DNA: L1a2-m357 (L3 L1c)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #266 : 16 Январь 2019, 23:23:16 »
Dante Labs, запустили рекламу в facebook. WGS 130X за 840€. У yseq потолок wgs - 50x. Интересно следующее - игрек хромосома тоже будет 130X? Каков будет примерный размер бама.
https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genomez#
« Последнее редактирование: 16 Январь 2019, 23:30:33 от Pamir »

Онлайн ankr21

  • Сообщений: 2149
  • Страна: ru
  • Рейтинг +456/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #267 : 16 Январь 2019, 23:46:52 »
Dante Labs, запустили рекламу в facebook. WGS 130X за 840€. У yseq потолок wgs - 50x. Интересно следующее - игрек хромосома тоже будет 130X? Каков будет примерный размер бама.
https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genomez#
Если я ничего не перепутал, 130х это покрытие экзома, а это около 1% от всего генома.

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 278
  • Страна: ru
  • Рейтинг +143/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #268 : 18 Январь 2019, 07:31:04 »
Dante Labs, запустили рекламу в facebook. WGS 130X за 840€. У yseq потолок wgs - 50x. Интересно следующее - игрек хромосома тоже будет 130X? Каков будет примерный размер бама.
https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genomez#
Если я ничего не перепутал, 130х это покрытие экзома, а это около 1% от всего генома.
В Фейсбуке писали, что Данте Лабз собралась патентовать метод, при котором экзом тестируется с помощью чипов, а не-экзом - секвенсированием

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11084
  • Страна: az
  • Рейтинг +1861/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #269 : 18 Январь 2019, 09:10:29 »
У меня чайникоориентированный вопрос.  ;D
На сайте представлены аж целых 4 теста, два из которых содержат в своём недоступном нормальному человеку названии намёк на полный секвенс чего-то страшного и непонятного:

1) Whole GenomeZ (130X + 30X +mtDNA) - $967.72
2) Whole Exome Sequencing (WES) - $511.78
3) My Full DNA: Whole Genome Sequencing with mtDNA - $682.76
4) Health, Wellness and Longevity DNA Test - $226.83

Теперь собственно долбо-вопрос. Который из этих тестов содержит в себе наиболее качественный аналог BigY+mtDNAFull+Family Finder?

Нет, конечно понятно что первый тест содержит всё и вся. Второй вообще про экзомный секвенс и болячки, а четвёртый тоже в общем-то аналогичен отчёту по здоровью.

так вот, в чём основная разница между первым и третьим тестами с точки зрения генетической генеалогии?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100