АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 169022 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1418
  • Страна: hu
  • Рейтинг +264/-6
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #240 : 09 Январь 2019, 08:58:08 »
То есть, если данные ФТДНА и 23эндМи коррелируют друг с другом (тот же порядок популяций в десятке, с небольшими флюктуациями по дистанциям). То данные от Данте Лабз - явно кривые. Чудные популяции. Огромные дистанции.

Незачёт.    :-\
Дело в том, что в файлах VCF исключены те снипы, где значения совпадают с референсом. Если бы Gedmatch Genesis их добавили, получилось бы близко к FTDNA/23andMe. Данте Лабз можно обвинить только в том, что не хотят предоставлять клиентам файл в нужном формате по умолчанию, но сами данные должны быть нормальными.
В принципе можно _легко_ сделать файл типа 23andMe для корректной загрузки на гедматч из bam файла от Данте.
Совместно с уважаемым Daemon2017 мы составили небольшую инструкцию как вырезать из bam'а Y и MT на компьютере с Win 10. Можно дополнить и тем как создать VCF для загрузки на Гедматч.
Беда только в том, что инструкция состоит из картинок и наборов технических фраз. Возможно кто-то "причешет" ее?)))
Думаю это поможет всем клиентам Данте.
да сделайте же, в конце-концов, скрипт на том же python.
Есть возможность его выложить на хостинг, чтобы в онлайне данные обрабатывались.

Онлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #241 : 09 Январь 2019, 09:13:52 »
да сделайте же, в конце-концов, скрипт на том же python.
Есть возможность его выложить на хостинг, чтобы в онлайне данные обрабатывались.
На хостинг, чтоб гонять через него 100-120Гб файлы?))

Онлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #242 : 09 Январь 2019, 10:22:32 »
]В принципе можно _легко_ сделать файл типа 23andMe для корректной загрузки на гедматч из bam файла от Данте.
Совместно с уважаемым Daemon2017 мы составили небольшую инструкцию как вырезать из bam'а Y и MT на компьютере с Win 10. Можно дополнить и тем как создать VCF для загрузки на Гедматч.
Беда только в том, что инструкция состоит из картинок и наборов технических фраз. Возможно кто-то "причешет" ее?)))
Думаю это поможет всем клиентам Данте.

Присылайте мне. Вот только в ближайшее время скорее всего заняться ей не получится, так как на мне сейчас два достаточно объёмных дела, и ко второму ещё даже не приступал ;D Может быть, кто-то более оперативно сработает.

В прошлом году я делал файл аутосомы + X формата FTDNA на основе VCF от YSeq, но специфическими наколенными методами, инструкцию для использования на их основе не составить. После добавления отсутствующих снипов из референса результаты этнокалькуляторов полностью нормализовались, но вот поиск родственников, как по мне, стал даже хуже - часть сегментов разорвалась.
Набросок руководства тут.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #243 : 09 Январь 2019, 10:34:35 »
Набросок руководства тут.
Отлично ) Хорошо бы ещё часть про создание файла 23andMe/FTDNA

Онлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #244 : 09 Январь 2019, 10:42:59 »
Набросок руководства тут.
Отлично ) Хорошо бы ещё часть про создание файла 23andMe/FTDNA
Томас Кран из YSEQ написал скрипт, который надо будет запускать из окружения Linux.
Он работает с hg19, то есть подходит для Dante Lab "из коробки". Я переписал его, модифицировав для работы с hg38. Если надо будет, то поищу.
Работа со скриптом подробно описана, но если будут вопросы, то помогу.
https://github.com/tkrahn/extract23
Из минусов - из результатов исключены инделы, но это мелочь

Онлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #245 : 09 Январь 2019, 12:06:00 »
Он работает с hg19, то есть подходит для Dante Lab "из коробки". Я переписал его, модифицировав для работы с hg38. Если надо будет, то поищу.
Работа со скриптом подробно описана, но если будут вопросы, то помогу.
Также есть возможность создать свой набор снипов аля molgen.vcf v1)))

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #246 : 09 Январь 2019, 16:49:39 »
Владимир, спасибо за инструкцию!

Вопрос у меня такой: как по Вашему, сильно будет подтормаживать резка, если в качестве корневого каталога буду использовать внешний накопитель?

Дело в том, что на самом компьютере в дисках у меня осталось самое большее 166 ГБ. Опасаюсь, что этого может не хватить.
Вот и планирую резать непосредственно на 500 ГБ диске, который обещали выслать.


*** Правду сказать, вообще бы предпочёл отправить ВАМ файл целиком. Ну, нет у меня к себе доверия.    :-X

Онлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4191/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #247 : 09 Январь 2019, 17:51:50 »
Владимир, спасибо за инструкцию!

Вопрос у меня такой: как по Вашему, сильно будет подтормаживать резка, если в качестве корневого каталога буду использовать внешний накопитель?

Дело в том, что на самом компьютере в дисках у меня осталось самое большее 166 ГБ. Опасаюсь, что этого может не хватить.
Вот и планирую резать непосредственно на 500 ГБ диске, который обещали выслать.


*** Правду сказать, вообще бы предпочёл отправить ВАМ файл целиком. Ну, нет у меня к себе доверия.    :-X
Михаил, я думаю сильно тормозить не должно, если будет подключен через SATA или USB3. Но главное перед экспериментами сохранить оригинальный файл в безопасное место :)

*** В YFull можно и целый отправить. Кроме как на скорости приема заказа это ни на чем другом не скажется.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #248 : 09 Январь 2019, 18:20:17 »
Спасибо.
Увы, не SATA, и не USB3.
Скорее всего USB2. (Компьютер 2010 года. Менять его не собираюсь, так как использую только Древо Жизни и офисные программы.)

*** Однозначно буду отсылать файл целиком.     :)

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1418
  • Страна: hu
  • Рейтинг +264/-6
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #249 : 10 Январь 2019, 02:41:06 »
да сделайте же, в конце-концов, скрипт на том же python.
Есть возможность его выложить на хостинг, чтобы в онлайне данные обрабатывались.
На хостинг, чтоб гонять через него 100-120Гб файлы?))
Та пофиг ) можно и 100-120 гиб. Правда тогда лучше грузить на дропбокс и скрипту давать ссылку на уже загруженный файл, чтобы самому не насиловать себя и свой интернет канал ) но это технические детали

Оффлайн Redline

  • Сообщений: 3
  • Страна: kz
  • Рейтинг +1/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #250 : 10 Январь 2019, 16:33:12 »
1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?
2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?
3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   
1) до 6 месяцев при температурах (-4ºF to 122ºF or -20ºC to 50ºC)
https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/202904560-Time-and-temperature-guidelines
2) большинство тут не запаривается и отправляет обычной почтой. через shipito надежнее будет.
3) можно написать plastic tubes для таможни. или sample plastic tubes
Спасибо, у нас тут просто с 1 января внесли изменения в закон о почте о том, что физ. лицам все посылки необходимо приносить в отделение почтовой связи в открытом виде. А как Shipito из России отправляет, я так понимаю через FedEx? И FedEx разве не проверяет содержимое при заборе посылки?

Оффлайн Redline

  • Сообщений: 3
  • Страна: kz
  • Рейтинг +1/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #251 : 10 Январь 2019, 16:38:51 »
1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?
Dante Labs используют набор Oragene DNA OG-500 с заявленной устойчивостью образца при комнатной температуре в несколько лет.

2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?
Напрямую государственной почтой - наименее проблемный вариант.

3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   
Я отправлял в пластиковом контейнере, в котором она пришла. У нас на почте, как правило, не интересуются, что отправляется. При необходимости всегда можно воспользоваться другим отделением. Как отмечено выше, в таможенной декларации достаточно указать "Plastic Tube".
Спасибо, у нас тут просто с 1 января внесли изменения в закон о почте о том, что физ. лицам все посылки необходимо приносить в отделение почтовой связи в открытом виде.

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #252 : 10 Январь 2019, 18:07:07 »
Спасибо, у нас тут просто с 1 января внесли изменения в закон о почте о том, что физ. лицам все посылки необходимо приносить в отделение почтовой связи в открытом виде.

формально это правило есть и Почты России.

Цитировать
А как Shipito из России отправляет, я так понимаю через FedEx?

Все равно как, любой службой. Посылка идет на адрес в США, например, или Европы. Т.е. на склад.

Оффлайн Pamir

  • Сообщений: 24
  • Страна: mt
  • Рейтинг +13/-0
  • Y-DNA: L1a2-m357 (L3 L1c)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #253 : 16 Январь 2019, 23:23:16 »
Dante Labs, запустили рекламу в facebook. WGS 130X за 840€. У yseq потолок wgs - 50x. Интересно следующее - игрек хромосома тоже будет 130X? Каков будет примерный размер бама.
https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genomez#
« Последнее редактирование: 16 Январь 2019, 23:30:33 от Pamir »

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #254 : 16 Январь 2019, 23:46:52 »
Dante Labs, запустили рекламу в facebook. WGS 130X за 840€. У yseq потолок wgs - 50x. Интересно следующее - игрек хромосома тоже будет 130X? Каков будет примерный размер бама.
https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genomez#
Если я ничего не перепутал, 130х это покрытие экзома, а это около 1% от всего генома.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.