АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 169207 раз)

0 Пользователей и 5 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #225 : 07 Январь 2019, 19:49:07 »
Спасибо Натану за Tabix file (.tbi)!

Сейчас повожусь с генеалогической базой (получил информацию по нескольким линиям: первая и вторая).

А потом доложу о своих опытах с ДНАкомпасс.


:)

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #226 : 07 Январь 2019, 20:08:44 »
Тут проблемы, не у Данте
Я о том, что Данте могли бы выдавать пользователям файл в формате FTDNA или 23andMe с соответствующим набором снипов. Восстанавливать его на основе VCF это несколько хуже.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #227 : 07 Январь 2019, 20:11:37 »
Есть люди, которые что ни скажут, так глупость. Свят, свят с ними нет пересекаюсь.     :-X
(Да и как можно пересечься с безродным виртуальным фантазёром!)

Дабы не терять времени на ликбез не желающих и не способных что-то понять, просто процитирую своё сообщение к умному человеку:

Спасибо. Может пригодится для какого-то сравнения. Про 7-10 поколений интересно, но надо статистически обосновать.


Речь идёт об умозрительных, красивых цифрах.

Ход мысли следующий.
Уже сейчас до 4.5-юродного родства включительно определение идёт точно.
Затем начинаются множественные родственные пересечения (то есть, высока вероятность того, что брачующиеся пятиюродные и далее родственники по нескольким линиям).
Велика вероятность случайного характера наследования (то есть, если от папы и мамы имеем почти точных 50%, то от дедушек-бабушек по 23-27%, от прадедов 9-15% и т.д.).
Ну и редко когда у людей имеется проработанное ПО ВСЕМ ВЕТВЯМ родословие от пятиюродного и дальше.

Первоочередная задача видится так: сравнение двух людей, имеющих исчерпывающие родословия на глубину 7 поколений и имеющих в них только одно пересечение.



Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #228 : 07 Январь 2019, 20:15:09 »
Есть люди, которые что ни скажут, так глупость. Свят, свят с ними нет пересекаюсь.     :-X
(Да и как можно пересечься с безродным виртуальным фантазёром!)

О. Паренёк тявкнул. А пока я писал ответ, стёр свою пачкотню.
Ну, и ладно.
Уже положительный знак. Значит оно не совсем конченное.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #229 : 07 Январь 2019, 20:17:54 »
Дурбалаю на заметку.
Советую не тратить время на бессмысленные ответы в этой теме. Буду их сразу удалять.
Не хочу, чтобы пищание тролля помешало серьёзному разговору.

Без обид. Чиста бизнес.

::)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #230 : 07 Январь 2019, 21:45:37 »
Тю...

Фиговина полная с этим ДНАкомпассом.    :-\

Предлагает болячки просматривать одну за другой. На что оно мне.     :o

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #231 : 07 Январь 2019, 21:47:24 »
Типа, вот такой хреньки:


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #232 : 07 Январь 2019, 21:48:55 »
Причём речь идёт только о родных файлах от ДНАлэнд, живущих на их сервере.     :-X


*** Пойду проверю, можно ли воткнуть VCF файл в Geni.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #233 : 07 Январь 2019, 22:00:55 »
Из сторонних лаб Geni принимает только ФТДНА.


*** Пошёл пробовать MyHeritage.     :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #234 : 07 Январь 2019, 22:06:21 »
Пошёл пробовать MyHeritage.     :)

Это было быстро. От ворот поворот.

Поддерживаемые компании: Ancestry, FamilyTreeDNA, 23andMe, Living DNA.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #235 : 07 Январь 2019, 22:33:29 »
Резюмирую.

Не считая болячек (вполне устраивает родной отчёт от ДантеЛабз), файл VCF удалось присобачить только в ГедМатч Генезис.
Да, и то, пока только частично. Мои данные в других аккаунтах не показываются. За исключением опции One-to-One.

Увы...

:(

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #236 : 08 Январь 2019, 17:41:48 »
В параллельной теме напостил десяток сообщений, а потом вывод:


И ВБОП не тот (6.3 поколения против 7.2).
И позиции на хромосомах другие.

Вывод: данные от Данте Лабз, загруженные в ГедМатч, отличаются от других лабораторий. Как для этнокалькуляторов. Так и для оценки родства.


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #237 : 09 Январь 2019, 00:03:36 »
Вопрос к знающим людям: можно ли из VCF файла вытащить мито?
Если да, то как?
Какого качества?

Заранее спасибо за подсказки.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #238 : 09 Январь 2019, 06:41:18 »
То есть, если данные ФТДНА и 23эндМи коррелируют друг с другом (тот же порядок популяций в десятке, с небольшими флюктуациями по дистанциям). То данные от Данте Лабз - явно кривые. Чудные популяции. Огромные дистанции.

Незачёт.    :-\
Дело в том, что в файлах VCF исключены те снипы, где значения совпадают с референсом. Если бы Gedmatch Genesis их добавили, получилось бы близко к FTDNA/23andMe. Данте Лабз можно обвинить только в том, что не хотят предоставлять клиентам файл в нужном формате по умолчанию, но сами данные должны быть нормальными.
В принципе можно _легко_ сделать файл типа 23andMe для корректной загрузки на гедматч из bam файла от Данте.
Совместно с уважаемым Daemon2017 мы составили небольшую инструкцию как вырезать из bam'а Y и MT на компьютере с Win 10. Можно дополнить и тем как создать VCF для загрузки на Гедматч.
Беда только в том, что инструкция состоит из картинок и наборов технических фраз. Возможно кто-то "причешет" ее?)))
Думаю это поможет всем клиентам Данте.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #239 : 09 Январь 2019, 07:40:59 »
]В принципе можно _легко_ сделать файл типа 23andMe для корректной загрузки на гедматч из bam файла от Данте.
Совместно с уважаемым Daemon2017 мы составили небольшую инструкцию как вырезать из bam'а Y и MT на компьютере с Win 10. Можно дополнить и тем как создать VCF для загрузки на Гедматч.
Беда только в том, что инструкция состоит из картинок и наборов технических фраз. Возможно кто-то "причешет" ее?)))
Думаю это поможет всем клиентам Данте.

Присылайте мне. Вот только в ближайшее время скорее всего заняться ей не получится, так как на мне сейчас два достаточно объёмных дела, и ко второму ещё даже не приступал ;D Может быть, кто-то более оперативно сработает.

В прошлом году я делал файл аутосомы + X формата FTDNA на основе VCF от YSeq, но специфическими наколенными методами, инструкцию для использования на их основе не составить. После добавления отсутствующих снипов из референса результаты этнокалькуляторов полностью нормализовались, но вот поиск родственников, как по мне, стал даже хуже - часть сегментов разорвалась.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.