Компания Dante Labs

[Srkz]

В среду получил тестовый набор. Dante Labs ранее прислали по эл. почте предоплаченный ярлык для возврата UPS, но не удалось им воспользоваться. В UPS по телефону стали убедительно просить не пытаться отправлять через них какие-либо пробирки, с чем бы они ни были. Дескать, потребуется экспертиза вещества и множество документов без гарантий результата. В итоге отправил сегодня "Почтой России".

Ага, там в ярлыке ещё и описанием груза стоит страшное "ORAGENE GENOTEK". Поэтому даже не пытался звонить в UPS, тоже сегодня отправил коробку обычным мелким пакетом.

[FELIX]

В среду получил тестовый набор. Dante Labs ранее прислали по эл. почте предоплаченный ярлык для возврата UPS, но не удалось им воспользоваться. В UPS по телефону стали убедительно просить не пытаться отправлять через них какие-либо пробирки, с чем бы они ни были. Дескать, потребуется экспертиза вещества и множество документов без гарантий результата. В итоге отправил сегодня "Почтой России".

а ко мне сообщение даже об отправке не пришло. наверное, пора письма писать...

[Srkz]

а ко мне сообщение даже об отправке не пришло. наверное, пора письма писать...

Рекомендую . Мне вот выслали кит через несколько дней после письма в саппорт (может, конечно, и совпадение).

[rmk]

тоже сегодня отправил коробку обычным мелким пакетом

А что за коробку? Я положил пластиковый контейнер с пробиркой в конверт с пузырчатой пленкой.

а ко мне сообщение даже об отправке не пришло. наверное, пора письма писать...

Очень странно. Конечно, стоит запросить номер отслеживания.

[Srkz]

А что за коробку? Я положил пластиковый контейнер с пробиркой в конверт с пузырчатой пленкой.

Да просто картонную коробку, в которой всё это лежало. Она как раз в один из стандартных конвертов идеально входит.

[rmk]

Да просто картонную коробку, в которой всё это лежало. Она как раз в один из стандартных конвертов идеально входит.

Ну да, неплохой вариант.

[Redline]

Всем доброго дня и с новым годом! Заказал полногеномное секвенирование у Dante Labs, доставили в Алматы (Казахстан) почтой Нидерландов, для обратной отправки выслали предоплаченый DHL return label в Италию, но локальный DHL отправлять биологический материал без спец.разрешения МинЗдрава отказывается (которое со слов представителя DHL выдается только локальным лабораториям, имеющим договор с той иносторанной лабораторией, куда вы отправляете биоматериал). В связи с этим появились вопросы:

1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?
2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?
3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   

[KetoDude]

1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?
2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?
3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   

1) до 6 месяцев при температурах (-4ºF to 122ºF or -20ºC to 50ºC)
https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/202904560-Time-and-temperature-guidelines
2) большинство тут не запаривается и отправляет обычной почтой. через shipito надежнее будет.
3) можно написать plastic tubes для таможни. или sample plastic tubes

[Mich Glitch]

Вот тут доложился по своим результатам в Данте Лабз.

[rmk]

1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?

Dante Labs используют набор Oragene DNA OG-500 с заявленной устойчивостью образца при комнатной температуре в несколько лет.

2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?

Напрямую государственной почтой - наименее проблемный вариант.

3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   

Я отправлял в пластиковом контейнере, в котором она пришла. У нас на почте, как правило, не интересуются, что отправляется. При необходимости всегда можно воспользоваться другим отделением. Как отмечено выше, в таможенной декларации достаточно указать "Plastic Tube".

[Srkz]

То есть, если данные ФТДНА и 23эндМи коррелируют друг с другом (тот же порядок популяций в десятке, с небольшими флюктуациями по дистанциям). То данные от Данте Лабз - явно кривые. Чудные популяции. Огромные дистанции.

Незачёт.   

Дело в том, что в файлах VCF исключены те снипы, где значения совпадают с референсом. Если бы Gedmatch Genesis их добавили, получилось бы близко к FTDNA/23andMe. Данте Лабз можно обвинить только в том, что не хотят предоставлять клиентам файл в нужном формате по умолчанию, но сами данные должны быть нормальными.

[Mich Glitch]

А в заголовках VCF файла указано, какой референс используется?

Хотя ещё проще спросить у Вас.   

Не подскажите, какой референс использует Данте Лабз?

[Mich Glitch]

Или же совпадающие с референсом снипы исключает Генезис?

[Mich Glitch]

По любому, не пойму.

Допустим, снипы совпадающие с референтным исключает Данте Лабз.

Нахожу это несколько маловероятным, так как лаборатория ориентирована на медицину. Предполагается, что в отчёте должны присутствовать все снипы.


Вариант, когда обрезание делает Генезис, - нахожу более вероятным.

Тогда не ясно, почему отработка родства по УПСам и общему совпадению коррелирует с данными от ФТДНА и 23эндМи, а вот результаты этнокалькулятора нет.




Заранее благодарю за уточнения.   

[NathanS]

Не подскажите, какой референс использует Данте Лабз?

ucsc.hg19/ucsc.hg19.fa http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/
Я посмотрел в BAM. В VCF тоже должно быть.