АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 38402 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34948
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3045/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #150 : 19 Ноябрь 2018, 20:04:00 »
Может будет проще в картинках.

Вот, скажем, моя прямая мужская линия. Люди из этого дерева - мои прямые предки.


Оффлайн Francois

  • Сообщений: 561
  • Страна: ua
  • Рейтинг +106/-9
  • Y-ДНК: R1a
  • мтДНК: H
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #151 : 19 Ноябрь 2018, 20:05:15 »
Вопрос, как я думаю, стоит просто: можно ли прямо сейчас (или через небольшое время) загрузить результаты от Dante Lab в YFull или нет?

Обсуждали уже на 6 странице.
Заплатить 75 долларов, и FGC Вам "нарежет" результат от Dante Labs в файлы для Yfull и не только.  :)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34948
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3045/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #152 : 19 Ноябрь 2018, 20:06:47 »
А прямая женская линия выглядит вот так:


Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34948
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3045/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #153 : 19 Ноябрь 2018, 20:08:24 »
Всё остальное - это боковые линии.   :)


Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 15
  • Страна: us
  • Рейтинг +2/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #154 : 19 Ноябрь 2018, 20:10:30 »
Ещё один вариант полного генома за 199$ теперь уже от Veritas https://www.veritasgenetics.com/myGenome?fbclid=IwAR0cKeHStQoJfp1kp-iFwoXWY30kBASz-gW-CW9GZANnnk6vVIvEoCduI7A
правда у них есть предусловия https://www.veritasgenetics.com/myGenome?fbclid=IwAR0cKeHStQoJfp1kp-iFwoXWY30kBASz-gW-CW9GZANnnk6vVIvEoCduI7A
небольшой плюс, что секвенируют на Illumina
но огромный минус - FASTQ файл не дают. только VCF за $100  ::)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34948
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3045/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #155 : 19 Ноябрь 2018, 20:14:28 »
В подписи же у меня указано, когда ВПЕРВЫЕ по какой-то из боковых линий встречается тот, или иной род.
Скажем ЖЖMMMЖMMЖM: Рюриковичи N-Y10931.


*** Кстати, спасибо Вам. Надо перепроверить. По-моему какой-то из рюриковичей проскочил на поколение раньше.
Всего же, как уже отписался, на Рюрика у меня выходит 570 (пятьсот семьдесят) линий.

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 263
  • Страна: ru
  • Рейтинг +78/-2
  • Y-ДНК: R1a-L664 S3485
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #156 : 19 Ноябрь 2018, 20:16:04 »
А прямая женская линия выглядит вот  так
Понятно, Михаил Иванович, я так понял уже. :)

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5315
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2622/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #157 : 19 Ноябрь 2018, 20:18:00 »
Вопрос, как я думаю, стоит просто: можно ли прямо сейчас (или через небольшое время) загрузить результаты от Dante Lab в YFull или нет?

Обсуждали уже на 6 странице.
Заплатить 75 долларов, и FGC Вам "нарежет" результат от Dante Labs в файлы для Yfull и не только.  :)
Можно загружать напрямую. Они предоставляют ссылку на скачивание. В YFull уже достаточно много образцов от DL. Единственный недостаток - дают скачать файл целиком. Приходится скачивать 100 Гб, затем вырезать Y и MT, весом 300-700 Мб. Остально за ненужностью удаляется.
Это занимает время.
Лучший вариант в YSEQ - можно скачать полный bam или только мито bam и Y bam.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34948
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3045/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #158 : 19 Ноябрь 2018, 20:20:59 »
Так. Первой линией рюриковичей у меня:

Haplogroup 91 (Lineage: FFMMMFMMFM)

   Иван Михайлович /Волконский/ (BEF 1626-AFT 1677) 10
   Михаил Петрович /Волконский/ (BEF 1586-BEF 1612) 11
...

То есть, подпись менять не надо.


:)

Оффлайн Ankor

  • Сообщений: 301
  • Страна: ru
  • Рейтинг +152/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #159 : 19 Ноябрь 2018, 20:22:16 »
Вопрос, как я думаю, стоит просто: можно ли прямо сейчас (или через небольшое время) загрузить результаты от Dante Lab в YFull или нет?

Обсуждали уже на 6 странице.
Заплатить 75 долларов, и FGC Вам "нарежет" результат от Dante Labs в файлы для Yfull и не только.  :)
Можно загружать напрямую. Они предоставляют ссылку на скачивание. В YFull уже достаточно много образцов от DL. Единственный недостаток - дают скачать файл целиком. Приходится скачивать 100 Гб, затем вырезать Y и MT, весом 300-700 Мб. Остально за ненужностью удаляется.
Это занимает время.
Лучший вариант в YSEQ - можно скачать полный bam или только мито bam и Y bam.
А сложно ли написать программу, которая бы вырезала из БАМа только данные игрек хромосы?

Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 15
  • Страна: us
  • Рейтинг +2/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #160 : 19 Ноябрь 2018, 20:23:19 »
Большинство присутствующих интересуется именно генеалогией.
Вопрос наследственных заболеваний - это на специализированных медицинских форумах.
людям с медицинских форумов нужна помощь этого форума. :'(
 Нужны добровольцы, кто может предоставить свои FASTQ файлы доктору Шаркову, для оценки качества секвенирования.

Если ему удастся привлечь Федора Коновалова из https://clinbio.ru/, то это получится отличный коллаборэйшн http://forum.molgen.org, https://clinbio.ru/ и Артема Шаркова!!!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34948
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3045/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #161 : 19 Ноябрь 2018, 20:24:57 »
Понятно, Михаил Иванович, я так понял уже. :)

Отлично.
Я с 22 лет всем что-то объясняю. Первые солдаты у меня были ребята, не знающие русского языка. И ничего. Натаскивал.   

::)


Осталось последнее.
Пока не увижу Вашего родословия, буду Вас держать за бизнесмена-хирурга. За фантазёра, короче говоря.
Хотя, если разобраться, на что мне Ваши родословцы.

:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34948
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3045/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #162 : 19 Ноябрь 2018, 20:27:14 »
Можно загружать напрямую. Они предоставляют ссылку на скачивание. В YFull уже достаточно много образцов от DL. Единственный недостаток - дают скачать файл целиком. Приходится скачивать 100 Гб, затем вырезать Y и MT, весом 300-700 Мб. Остально за ненужностью удаляется.
Это занимает время.

Ура!
Вот то, что хотел услышать. Хотя бы в части игрек хромосомы.
Мне больше доверия, если мой файл покромсают в ИгрекФулле. Нежели где-то ещё.

:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34948
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3045/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #163 : 19 Ноябрь 2018, 20:30:56 »
Нужны добровольцы, кто может предоставить свои FASTQ файлы доктору Шаркову, для оценки качества секвенирования.

Свой Вам отдам. Не жалко.
Как получу результат, напишите, пожалуйста, как и куда отсылать.

:)

Оффлайн sommer

  • Сообщений: 263
  • Страна: ru
  • Рейтинг +78/-2
  • Y-ДНК: R1a-L664 S3485
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #164 : 19 Ноябрь 2018, 20:31:01 »

А сложно ли написать программу, которая бы вырезала из БАМа только данные игрек хромосы?

Я абсолютный не специалист по генеалогическим файлам, месяца два назад узнал, что это такое за тесты, но как бывший программер предположу. что все они представляют из себя каким-то образом, упорядоченную базу данных. Значит эта манипуляция скорее всего будет несложной. Если только они специально не зашифрованы.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100