АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 169463 раз)

0 Пользователей и 4 Гостей просматривают эту тему.

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 8463
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #945 : 27 Январь 2020, 08:44:01 »
Прокатывает у ДЛ только игрек-секвенс брать (с соответствующим снижением цены)?
Здесь другой подход - брать на скидках полный тест и использовать оттуда игрек-сиквенс.

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #946 : 27 Январь 2020, 08:57:55 »
У меня, например, ни Dante ни FGC не покрыли мито полностью,
Пожалуйста, можете пояснить, что вы имеете в виду?
Там же в худшем случае сотни копий прочтены (в лучшем - десятки тысяч).

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #947 : 27 Январь 2020, 10:47:29 »
Мужики, есть дерьмо-вопросец. Из серии "и рыбкусъесть, и рыбкой  не пропахнуть".
Предусмотрено ли у них выбирать тесты?
Например, аутосомный и митотест мне представляются абсолютно никчёмными при отсутствии сравнительной базы. (Моё субъективное мнение, может не совпадать с Вашим). Джедматч не в счёт. Интересует только игрек в контексте заливки на ИгрекФулл.
Прокатывает у ДЛ только игрек-секвенс брать (с соответствующим снижением цены)?

Или тут только к ФуллГеномс?

WGS, полногеномное секвенирование - все и сразу, никакого выбора. Далее сами делаем что хотим - вырезаем мито, игрек, аутосомы.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17099
  • Страна: az
  • Рейтинг +5909/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #948 : 27 Январь 2020, 10:52:19 »
Благодарю за ответы!
Жаль. Получается, что полный секвенс игрека делает лишь ФГ, а там дороговато :(

Оффлайн Punchic

  • Сообщений: 210
  • Страна: ru
  • Рейтинг +124/-0
  • Y-ДНК: R-YP5917
  • мтДНК: V1a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #949 : 27 Январь 2020, 14:56:34 »
У меня, например, ни Dante ни FGC не покрыли мито полностью,
Пожалуйста, можете пояснить, что вы имеете в виду?
Там же в худшем случае сотни копий прочтены (в лучшем - десятки тысяч).
Еще раз посмотрел, я ошибся: мито у меня было, и я не проверял результаты В данных от Dante покрыто 100%
#rname  startpos        endpos  numreads        covbases        coverage        meandepth       meanbaseq       meanmapq
chrM    1        16569    33008    16569    100      198.431 37.1    53.8
А в статистике YFull есть непорытые участки, вот я и написал не проверив ))


Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #950 : 27 Январь 2020, 15:34:37 »
А в статистике YFull есть непорытые участки, вот я и написал не проверив ))
Я так понял, это YFull так отображает гетероплазмию.
У меня был 1 разрыв на файле FTDNA, и это объяснили в соседней теме: http://forum.molgen.org/index.php/topic,11729.msg478026.html#msg478026

Только что-то странное.
Пропуски: 72, 227, 263, 310, 750, 1438, 4580, 4639, 4769, 7028, 8860-8869, 9575, 9765, 12729-12880,15326, 16183, 16552-16569... Как-то очень странно выглядит.
« Последнее редактирование: 27 Январь 2020, 15:45:19 от mdn »

Оффлайн Punchic

  • Сообщений: 210
  • Страна: ru
  • Рейтинг +124/-0
  • Y-ДНК: R-YP5917
  • мтДНК: V1a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #951 : 27 Январь 2020, 16:10:47 »
А в статистике YFull есть непорытые участки, вот я и написал не проверив ))
Я так понял, это YFull так отображает гетероплазмию.
У меня был 1 разрыв на файле FTDNA, и это объяснили в соседней теме: http://forum.molgen.org/index.php/topic,11729.msg478026.html#msg478026

Только что-то странное.
Пропуски: 72, 227, 263, 310, 750, 1438, 4580, 4639, 4769, 7028, 8860-8869, 9575, 9765, 12729-12880,15326, 16183, 16552-16569... Как-то очень странно выглядит.

Что-то не очень похоже на гетероплазмию(открыл тот bam,который отправлял). Но YFull вроде перевыравнивают. ???
А позиции совпадают с Differences Yoruba Sequence.
« Последнее редактирование: 27 Январь 2020, 16:22:23 от Punchic »

Онлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #952 : 27 Январь 2020, 17:13:55 »
У меня, например, ни Dante ни FGC не покрыли мито полностью,
Пожалуйста, можете пояснить, что вы имеете в виду?
Там же в худшем случае сотни копий прочтены (в лучшем - десятки тысяч).
Еще раз посмотрел, я ошибся: мито у меня было, и я не проверял результаты В данных от Dante покрыто 100%
#rname  startpos        endpos  numreads        covbases        coverage        meandepth       meanbaseq       meanmapq
chrM    1        16569    33008    16569    100      198.431 37.1    53.8
А в статистике YFull есть непорытые участки, вот я и написал не проверив ))

Похоже на ошибку. Разберемся.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #953 : 27 Январь 2020, 18:12:27 »
Тут есть подводный камень, если переусердствовать ) Помнится, Михаил когда-то писал, что для надёжности добавил в образец капельку крови, а ему пришло сообщение: "мы обнаружили, что с вашей слюной что-то не так. Высылаем новый набор для повторного сбора". Не помню, что за компания.

Только хотел про это отписаться.

Поступал ещё радикальнее. Протыкал палец и капал кровь в пробирку.

Биг Игрек 700.  Вернули со словами, что полученный материал мутный. Вероятно с остатками пищи.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #954 : 27 Январь 2020, 18:19:12 »
Вот у меня какая мысль по доставке в Россию.

1. Данте присылает штрихкод, который только на пробирках. (У других лабораторий, он и на упаковках).
Из-за своей торопливости, первый кит прохлопал.
Сказали зарегистрировать до отправки. Ну, а я решил, что сделаю это позже. А оказалось, что на упаковке только почтовые штрих-коды.

2. Ещё лет 5 назад смотрел, что в Москве есть магазины, которые продают все виды тестовых наборов. От хлопковых и бумажных скребков, до плёвок с консервантом.

Теперь вариант.

а) Спросить в Данте, какой вид плёвок они используют.

б) Запросить штрих-код электронным письмом.

в) Купить тестовый набор в Москве, или Питере, там.

г) Отправить сэмпл в лабораторию.
« Последнее редактирование: 27 Январь 2020, 18:29:43 от Mich Glitch »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #955 : 27 Январь 2020, 18:22:36 »
По мито.

У меня для х30 непокрыто 4 позиции (No covered bp:   4 from 16569).

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #956 : 27 Январь 2020, 18:25:28 »
WGS, полногеномное секвенирование - все и сразу, никакого выбора. Далее сами делаем что хотим - вырезаем мито, игрек, аутосомы.

У меня опять вопрос про FASTQ.
Правильно ли понимаю, что если вырезать из ВАМ файла, то качество будет лучше?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #957 : 27 Январь 2020, 18:28:01 »
Ещё вопросы.

Можно ли вырезать игрек, или мито, или сгенерировать аутосомный файл по форматам разных лабораторий непосредственно из лонг-рид FASTQ файла?

Или надо сначала преобразовывать его в ВАМ файл?

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #958 : 27 Январь 2020, 18:55:09 »
Про покупку на месте - идея гениальная. С конкурентами там есть проблема - они на наборах определенно зарабатывают.

Оффлайн vad245

  • Сообщений: 228
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-0
  • Y-ДНК: R-YP1410
  • мтДНК: U8a1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #959 : 27 Январь 2020, 18:58:49 »
А что у DanteLab в наборе? Шипито просит заполнить декларацию, а я не знаю что там. И какую цену ставить, полную цену теста?
Если точно то две пластиковых колбы и пластиковый же флакон с жидкостью(про жидкость можно и умолчать).
Про цены же вопрос возникал неоднократно. Тут возможно двоякое толкование.
Через таможенную границу непосредственно перемещаются товары очень маленькой стоимости - условно 1 евро. Сама оплаченная услуга оказывается за пределами РФ и соответственно и не происходит перемещение данной стоимости.С точки зрения формального применения вы просто ввезли товар очень маленькой стоимости. Тем более  паче чаяния вы можете и отказаться от данной услуги до начала процесса обработки, понятно что в этом случае никто вам не вернет уплаченную таможенную пошлину. Так что вариант только один - очень маленькая обозначенная стоимость.
Шипито потом ещё одну форму предлагает заполнить. Со ссылкой на товар с указанной ценой, номером заказа и артикулом магазина. Есть где-нибудь Шипито для чайников? Я теряюсь как это всё заполнять.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.