АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 168896 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #810 : 29 Декабрь 2019, 21:13:36 »
Скупой платит дважды,мой кит все ещё в Москве, Данте молчит, шарага какая то. Есть возможность вернуть деньги? Лучше бы биг игрек на ФТДНА заказал

Я два года назад писал о проблемах с доставкой в Россию. Эти проблемы обусловлены измененным заканодательством России. Для получения пакета надо пользоваться пересылкой через родственника или знакомого в Европе. Пока DanteLabs не наладило пересылку почтой Италии, нужно пользоваться услугами по пересылке из Европы в Россию, например https://www.mailboxde.com/. Люди спокойно покупают товары в США и пересылают через шипито, надо просто также поступить и при заказе тестa в Dante Labs.
« Последнее редактирование: 29 Декабрь 2019, 21:25:04 от NathanS »

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #811 : 30 Декабрь 2019, 00:08:42 »
Есть вопрос по файлам которые выдает данте лабс.
Я хотел проверить у себя наличие определенных аутосомных снипов, скачал с данте файл SNP (VCF), и для теста решил проверить снип, который подтвердила сама Данте, rs1799945 (Hereditary Hemochromatosis).
Gene: HFE|LOC108783645
Marker: rs1799945
Position: chr6:26091179

Найти этот снип в файле удалось только по позиции, что очень неудобно. В файле почему-то не указан id снипа (должен быть в третьем столбце вместо точки), и поэтому использовать параметр --snp в vcftools невозможно, приходиться выписывать пары хромосома-позиция.

6   26091179   .   C   G   47.4   PASS   AC=1;AF=0.5;AN=2;DP=41;FS=0;MQ=250;MQRankSum=5.385;QD=1.16;ReadPosRankSum=3.083;SOR=0.84;FractionInformativeReads=1;R2_5P_bias=-7.076;VQSLOD=9.83163   GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:GQ:PL:GP:PRI:SB:MB   0/1:24,17:0.415:41:11,12:13,5:46:82,0,50:47.403,0.0001007,53:0,34.77,37.77:16,8,12,5:9,15,11,6


Знает ли кто-то инструмент, который проставит id снипов в файл, или какой есть другой вариант для моей задачи (легкой проверки определенных аутосомных снипов по их id).
« Последнее редактирование: 30 Декабрь 2019, 00:17:59 от Viktor97 »

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #812 : 31 Декабрь 2019, 20:07:46 »
Скупой платит дважды,мой кит все ещё в Москве, Данте молчит, шарага какая то. Есть возможность вернуть деньги? Лучше бы биг игрек на ФТДНА заказал
Будем справедливы: по доставке это все же вопросы к почтовым компаниям.
Три набора от меня сегодня показались на сайте DanteLabs в статусе We Received Your Kit, далее этап проверки качества образцов.

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #813 : 31 Декабрь 2019, 21:58:22 »
Я два года назад писал о проблемах с доставкой в Россию. Эти проблемы обусловлены измененным заканодательством России. Для получения пакета надо пользоваться пересылкой через родственника или знакомого в Европе. Пока DanteLabs не наладило пересылку почтой Италии, нужно пользоваться услугами по пересылке из Европы в Россию, например https://www.mailboxde.com/. Люди спокойно покупают товары в США и пересылают через шипито, надо просто также поступить и при заказе тестa в Dante Labs.
Согласен, решал по доставке из США (Ancestry.com) в Россию с помощью почтового посредника Shipito, давно пора протоптать дорожку из DanteLabs с помощью аналогичных европейских посредников.

Оффлайн 505

  • Сообщений: 19
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #814 : 03 Январь 2020, 04:37:36 »
Есть вопрос по файлам которые выдает данте лабс.
Я хотел проверить у себя наличие определенных аутосомных снипов, скачал с данте файл SNP (VCF), и для теста решил проверить снип, который подтвердила сама Данте, rs1799945 (Hereditary Hemochromatosis).
Gene: HFE|LOC108783645
Marker: rs1799945
Position: chr6:26091179

Найти этот снип в файле удалось только по позиции, что очень неудобно. В файле почему-то не указан id снипа (должен быть в третьем столбце вместо точки), и поэтому использовать параметр --snp в vcftools невозможно, приходиться выписывать пары хромосома-позиция.

6   26091179   .   C   G   47.4   PASS   AC=1;AF=0.5;AN=2;DP=41;FS=0;MQ=250;MQRankSum=5.385;QD=1.16;ReadPosRankSum=3.083;SOR=0.84;FractionInformativeReads=1;R2_5P_bias=-7.076;VQSLOD=9.83163   GT:AD:AF:DP:F1R2:F2R1:GQ:PL:GP:PRI:SB:MB   0/1:24,17:0.415:41:11,12:13,5:46:82,0,50:47.403,0.0001007,53:0,34.77,37.77:16,8,12,5:9,15,11,6


Знает ли кто-то инструмент, который проставит id снипов в файл, или какой есть другой вариант для моей задачи (легкой проверки определенных аутосомных снипов по их id).

Я могу предложить следующий метод аннотирования по rsID с использованием bcftools:
1) Скачать файл с базой аннотированных полиморфизмов для GRCh37 в формате vcf.gz
2) Проиндексировать скаченный файл командой (или скачать файл индекса) bcftools index -t имя_файла_с_БД_rsID.vcf.gz Файл индекса должен быть в той же папке что и сам файл
3) Проиндексировать файл vcf.gz от Данте командой (или скачать файл индекса) bcftools index -t файл_данте.vcf.gz Файл индекса должен быть в той же папке что и сам файл
4) Выполнить команду bcftools annotate -a имя_файла_с_БД_rsID.vcf.gz -c ID -O z -o файл_результат.vcf.gz файл_данте.vcf.gz
5) файл_результат.vcf.gz будет содержать rsID и его можно использовать с vcftools с ключем —-snp

Оффлайн 505

  • Сообщений: 19
  • Страна: ro
  • Рейтинг +6/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #815 : 03 Январь 2020, 04:55:21 »
Хочу поделиться информацией о сроках:

По последней акции приобретал несколько тестов со сроком исполнения 8 недель, регистрировал под разными аккаунтами у Данте.
Один кит был получен Данте в 20-х числах ноября и на данный момент по нему нет результатов.
Другой кит я отправил 13 декабря и поступил он Данте 16 декабря и по нему уже вчера был готов результат!!!!!!

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #816 : 03 Январь 2020, 12:30:55 »
Хочу поделиться информацией о сроках:
Другой кит я отправил 13 декабря и поступил он Данте 16 декабря и по нему уже вчера был готов результат!!!!!!
Подскажите плиз: сколько дней ушло на этапы:
«We Received Your Kit» - «QC Completed» -
«QC Completed» - «Sequencing Started» -
«Sequencing Started» - «Report Ready» -

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #817 : 03 Январь 2020, 14:00:20 »
Хочу поделиться информацией о сроках:
Другой кит я отправил 13 декабря и поступил он Данте 16 декабря и по нему уже вчера был готов результат!!!!!!
Подскажите плиз: сколько дней ушло на этапы:
«We Received Your Kit» - «QC Completed» -
«QC Completed» - «Sequencing Started» -
«Sequencing Started» - «Report Ready» -
09.12 -> 13.12 (4 календарных)
13.12 - 18.12 (5 календарных)
18.12 - 27.12 (9 календарных)

Заказывал 8 недель, работают довольно быстро

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 984
  • Страна: aq
  • Рейтинг +170/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #818 : 03 Январь 2020, 14:49:50 »
Видимо Данте на все  декабрьские киты сделала акцию поголовно на 2недели
А у меня просто кит все никак из Казахстана не выйдет.Казахи на НГ праздники и не думают чесаться. Предположительно в 20х числах только. Кошмар.  Я заказал еще в начале ноября такто ;D

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #819 : 03 Январь 2020, 16:27:41 »
Видимо Данте на все  декабрьские киты сделала акцию поголовно на 2недели
А у меня просто кит все никак из Казахстана не выйдет.Казахи на НГ праздники и не думают чесаться. Предположительно в 20х числах только. Кошмар.  Я заказал еще в начале ноября такто ;D
полагаю, что сроки дело случая: у кого 2 недели, а у кого полгода...

Оффлайн Viktor97

  • Сообщений: 113
  • Страна: ua
  • Рейтинг +30/-0
  • Y-ДНК: М:R1a-YP1137(Y-190380); ЖМ:I2a-L621(CTS10228); ЖЖМ:R1a-YP1337A1*
  • мтДНК: H9a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #820 : 03 Январь 2020, 16:51:12 »
Видимо Данте на все  декабрьские киты сделала акцию поголовно на 2недели
А у меня просто кит все никак из Казахстана не выйдет.Казахи на НГ праздники и не думают чесаться. Предположительно в 20х числах только. Кошмар.  Я заказал еще в начале ноября такто ;D
полагаю, что сроки дело случая: у кого 2 недели, а у кого полгода...
Ага, на странице с отзывами https://www.trustpilot.com/review/www.dantelabs.com либо 1 либо 5. Лотерея :)

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1179
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-5
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #821 : 03 Январь 2020, 20:45:51 »
Цитировать
    Отражая на 2019
Этот прошедший год был невероятным и наполненным монументальными изменениями для нашей компании.
Мы начали с того, что испытывали длительные задержки для наших пользователей. Мы только усугубили ситуацию, не сумев должным образом общаться.   
  ;D из новогоднего письма. Не.пойму они хвастаются или признают свою проблему)

Оффлайн mladshij

  • Сообщений: 801
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-0
  • Darth Vader
  • Y-ДНК: R1a-Z92 -> YP569 -> Y85137
  • мтДНК: H1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #822 : 07 Январь 2020, 18:26:24 »
Мой образец неспешно ползёт в Dante Labs (уже более 3 недель). Сегодня он наконец дополз до итальянской почты. Меня смущает то, что срок годности кита истечёт через 10 дней. Подозреваю, что он к тому времени только-только доползёт до лаборатории. И что будет дальше? Его просто выкинут и снова вышлют мне новый кит DHL'ем?

Оффлайн Alexey_V.B.

  • Сообщений: 880
  • Страна: il
  • Рейтинг +223/-0
  • Y-ДНК: R1a (R-A8995*)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #823 : 08 Январь 2020, 02:26:29 »
Мой образец неспешно ползёт в Dante Labs (уже более 3 недель). Сегодня он наконец дополз до итальянской почты. Меня смущает то, что срок годности кита истечёт через 10 дней. Подозреваю, что он к тому времени только-только доползёт до лаборатории. И что будет дальше? Его просто выкинут и снова вышлют мне новый кит DHL'ем?
срок годности - до начала использования, да и то условный.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #824 : 08 Январь 2020, 16:28:14 »
Цитировать
    Отражая на 2019
Этот прошедший год был невероятным и наполненным монументальными изменениями для нашей компании.
Мы начали с того, что испытывали длительные задержки для наших пользователей. Мы только усугубили ситуацию, не сумев должным образом общаться.   
  ;D из новогоднего письма. Не.пойму они хвастаются или признают свою проблему)

На обратную отправку у них DHL предоплаченный или можно самому выбрать способ отправки и оплатить?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.