АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 9195 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #75 : 30 Сентябрь 2018, 17:39:45 »
Предоставляют несколько видов отчётов и брутто данных.
Самый большой файл весом под сотню ГигаБайт.

Если не говорить про Фэйсбук (я убеждённый противник этой подлой шпионской штучки, и потратил почти три года на закрытие своего аккаунта), то лучшее обсуждение Данте Лабз, по моему мнению, идёт на Антрогенике.

Но меня совсем не улыбает скачивать разные пакеты программ. Гонять свои данные. Потом с чувством, что где-то непременно накосячил, засылать всё это на разные сервисы (ИгрекФулл, ГедМатч Генезис, Проумитиз и пр.).
Предпочитаю жар загребать чужими руками.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #76 : 30 Сентябрь 2018, 17:47:48 »
У меня намечается один важный сэмпл.
Альтернатив три:

1. Стандартный, консервативный вариант. Оценочная стоимость около 1000 долларов (лень пересчитывать). ФТДНА. 111 маркеров + Биг500 + ФФ + полный митосиквенс.

2. Эконом класса. Стоимость около 400 долларов. Данте Лабз. Предполагает бриколяж, оно же мучо травахо, оно же самостоятельная работа ручками.

3. Бизнес класса. Стоимость 1500 и выше долларов. Yseq. Всё те же самостоятельные потуги в кройке и шитье.


*** Посмотрю, что выгорит с Данте Лабз у меня самого. И скорее всего пойду проторённой дорогой в ФТДНА.

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 986
  • Страна: ru
  • Рейтинг +157/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #77 : 30 Сентябрь 2018, 18:49:37 »
Предоставляют несколько видов отчётов и брутто данных.
Самый большой файл весом под сотню ГигаБайт.

Если не говорить про Фэйсбук (я убеждённый противник этой подлой шпионской штучки, и потратил почти три года на закрытие своего аккаунта), то лучшее обсуждение Данте Лабз, по моему мнению, идёт на Антрогенике.

Но меня совсем не улыбает скачивать разные пакеты программ. Гонять свои данные. Потом с чувством, что где-то непременно накосячил, засылать всё это на разные сервисы (ИгрекФулл, ГедМатч Генезис, Проумитиз и пр.).
Предпочитаю жар загребать чужими руками.
На самом деле я соглашусь. Круто иметь 100ГиБ слепок своей ДНК, но гораздо практичнее (по крайней мере пока что) - иметь ее срезы (проекции) в стандартных форматах, которые можно грузить на разные сервисы (YFull, Gedmatch etc.)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #78 : 30 Сентябрь 2018, 18:57:44 »
Ещё хотелось бы выцедить СТР аутосомы по формату CODIS 8.0.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1347
  • Страна: il
  • Рейтинг +332/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #79 : 01 Октябрь 2018, 00:09:40 »
Обработка данных от Данте на FullGenomes :

https://www.fullgenomes.com/purchases/122/?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #80 : 01 Октябрь 2018, 01:15:33 »
Обработка данных от Данте на FullGenomes :

https://www.fullgenomes.com/purchases/122/?

Не нашёл описания, какой анализ получу.
Какие типы выходных  и какие отчёты.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1347
  • Страна: il
  • Рейтинг +332/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #81 : 01 Октябрь 2018, 08:29:01 »

- variant summary reports from SnpEff and VEP
- autosomal and chrX variant identification (as two VCF files):
- novel variants (annotated with SnpEff and VEP)
- results for a set of over 100 million known SNPs from dbSNP build 142
- mtDNA sequence (as FASTA file)
- Y-DNA analysis (for males)

We can also generate the 23andme, Ancestry.com etc files if needed.

Also, clinical report available for an extra fee (analysis by medical doctor).

Исходные файлы: FASTQ (.fq.gz)

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5045
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2248/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #82 : 01 Октябрь 2018, 10:45:33 »
Исходные файлы: FASTQ (.fq.gz)
Как я видел, они выдают и bam. Может конечно по требованию, но выдают. Крупный минус - не вырезают Y и mtDNA, для отдельного скачивания, то есть если качать, то весь геном.
Файл с аутосомами, по типу 23andme как вижу тоже выдают, так что без проблем можно залить на ГедМатч.
На Promethease получается тоже можно проверить свои данные.

Остаются STR. С ними сложнее. По причине коротких ридов они хуже читаются в бамах от DL. Хотя, ради справедливости, стоит заметить, что в новых Big Y STR тоже стали хуже читаться из-за некоторого уменьшения длины рида и глубины покрытия.
В любом случае, с современным уровнем развития технологии NGS, нельзя уверенно прочитать в баме все до одного STR маркеры из панели FTDNA Y111.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #83 : 01 Октябрь 2018, 18:05:44 »

- variant summary reports from SnpEff and VEP
- autosomal and chrX variant identification (as two VCF files):
- novel variants (annotated with SnpEff and VEP)
- results for a set of over 100 million known SNPs from dbSNP build 142
- mtDNA sequence (as FASTA file)
- Y-DNA analysis (for males)

We can also generate the 23andme, Ancestry.com etc files if needed.

Also, clinical report available for an extra fee (analysis by medical doctor).

Исходные файлы: FASTQ (.fq.gz)

Понятно. Спасибо.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #84 : 01 Октябрь 2018, 18:10:04 »
Как я видел, они выдают и bam. Может конечно по требованию, но выдают. Крупный минус - не вырезают Y и mtDNA, для отдельного скачивания, то есть если качать, то весь геном.

Да. Выдают. Шлют на флэшке. Говорится даже про жёсткий диск. Допускаю, что для размера, менее 128 ГБ, - старая модель внешнего жесткого диска вместе с отправкой стоит дешевле, чем флэшка + отправка.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #85 : 01 Октябрь 2018, 18:15:31 »
Остаются STR. С ними сложнее. По причине коротких ридов они хуже читаются в бамах от DL. Хотя, ради справедливости, стоит заметить, что в новых Big Y STR тоже стали хуже читаться из-за некоторого уменьшения длины рида и глубины покрытия.
В любом случае, с современным уровнем развития технологии NGS, нельзя уверенно прочитать в баме все до одного STR маркеры из панели FTDNA Y111.

Ясно.
Вопрос с аутосомными СТРами не повторяю. Тем более расширенного формата CODIS 8.0.

Это излишний гурмандизм. Раз.
Из серии этноинтерпретаций. Два.
Стандарт ещё не принят. На накопление сравнительной базы уйдут годы. Три.
Крупнейшие базы накрепко закрыты. Это ФБР и др. службы. Четыре.
Раньше можно было заказать только интерпретацию по открытым базам. Сейчас не продают без теста. Пять.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #86 : 01 Октябрь 2018, 18:20:16 »
Что до игрек СТРов, то массовое сравнение без ФТДНА получается вроде как и невозможно.

Возникает вопрос, а насколько оно (сравнение по СТРам со многими образцами) нужно?

В моём случае (практическая генеалогия), имею сильный крен в сторону попарных сравнений. СТРы интересуют в основном для  ВБОПов.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #87 : 01 Октябрь 2018, 18:25:58 »
Резюмирую.

1. Заплачу за предварительные обработки и подготовки. Например, по ссылке от napobo3.

2. Размещу данные в ИгрекФулл и ГедМатч Генезис.

3. Посмотрю, что получается.

4. Решу, стоит ли в моих случаях и можно ли, заменять стандартный пакет от ФТДНА на эконом версию от ДантеЛабз, или продвинутую версию от Yseq.

5. Детально и многословно, по своему обыкновению, доложусь в ветке.




*** Медицины не касался. Вроде и родная интерпретация от Данте Лабз - не хуже прочих.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1347
  • Страна: il
  • Рейтинг +332/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #88 : 13 Октябрь 2018, 00:27:31 »
Медицинский анализ:
https://www.fullgenomes.com/purchases/123/?

Пришлю пример ЛСом.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 31571
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2370/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #89 : 13 Октябрь 2018, 01:10:16 »
Большое спасибо!

Как только получу результаты, ОБЯЗАТЕЛЬНО закажу интерпретацию.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100