АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 24373 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34368
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2905/-45
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #390 : 16 Май 2019, 08:21:50 »
Что-то ВАМ маловат. У меня, если не забыл, 104 ГБ было.    ???

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #391 : 16 Май 2019, 09:28:33 »
Что-то ВАМ маловат. У меня, если не забыл, 104 ГБ было.    ???
С покрытием 30 примерно такого размера (~30 Гб) и ждал, 104 это очень круто.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 159
  • Страна: kz
  • Рейтинг +17/-5
  • Y-ДНК: R1b DF98>S18823
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #392 : 16 Май 2019, 09:43:21 »
А кто скажет чайнику Данте Лабс в стиле 23эндми делает ауточсомы там и медицина, митогаплу и пр. моменты там про глаза и волосы и пр. также полно или примерно? То есть полный геном дантелабс полностью заменит тест 23эндми?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 5375
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2129/-2
  • Y-ДНК: N1c L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #393 : 16 Май 2019, 10:54:40 »
А кто скажет чайнику Данте Лабс в стиле 23эндми делает ауточсомы там и медицина, митогаплу и пр. моменты там про глаза и волосы и пр. также полно или примерно? То есть полный геном дантелабс полностью заменит тест 23эндми?
В прямом виде большей части таких "фишек" нет, надо вытаскивать информацию из исходных данных через сторонние сервисы или самостоятельно. Посмотрите примеры отчётов на сайте компании. Очень много про реакции на лекарства + отчёт по генетическим болезням.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 305
  • Страна: ru
  • Рейтинг +201/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #394 : 16 Май 2019, 11:15:46 »
Что-то ВАМ маловат. У меня, если не забыл, 104 ГБ было.    ???
Похоже, там (по крайней мере сейчас) применили какое-то сильное волшебство для уровней градации качества прочтения в исходных FastQ - вместо почти 40 уровней качества прочтения, используемых Illumina/Sanger, у них представлены лишь 3 - то есть, фактически, для качества прочтения каждого снипа есть 3 варианта: "ну как-то прочитали", "сгодится" и "отлично". Соответственно, всё в объеме сильно сокращается на всех этапах.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 126
  • Страна: ru
  • Рейтинг +70/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #395 : 19 Май 2019, 13:04:31 »
Появились ссылки на VCF, отчёты по реакции на лекарства и наследственным заболеваниям. Итого чуть больше 90 дней с момента получения и около полугода на всю историю :)
Тоже сегодня случайно обнаружил данные ссылки (уведомления о готовности не было), хотя еще 3 дня назад мне ответили на просьбу уточнить текущее состояние теста следующее:
Цитировать
I have checked on your DNA sample and appears to be still in the sequencing process which is a long and complex process, composed of several steps. Your results were expected to be ready on the 24th of last month. We are very sorry we failed to inform you there could be delays.

No reason to be concerned. We are working to make advanced genomics accessible to everyone. We are now working with every single person to ensure that issues are solved, especially delays, providing customized reports free of charge.

You have our word. You will receive your data and results within the coming weeks.

То есть, похоже, в службе поддержки не располагают реальной информацией из лаборатории.

Таким образом, результаты готовы на 118-й день со дня подтверждения получения ими образца (21.01.2019) и на 181-й день со дня заказа (19.11.2018).

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 126
  • Страна: ru
  • Рейтинг +70/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #396 : 19 Май 2019, 14:23:14 »
В свежей статье Луи Кесслера "Создание файла исходных данных из файла WGS BAM" рассказывается о новой программе WGS Extract (для Windows, 1,79 ГБ, бета-версия), позволяющей из BAM-файла Dante Labs сформировать файл исходных данных в формате 23andMe v3, а также файл BAM, содержащий только Y-ДНК и мтДНК, для загрузки на YFull.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34368
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2905/-45
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #397 : 19 Май 2019, 16:02:10 »
В свежей статье Луи Кесслера "Создание файла исходных данных из файла WGS BAM" рассказывается о новой программе WGS Extract (для Windows, 1,79 ГБ, бета-версия), позволяющей из BAM-файла Dante Labs сформировать файл исходных данных в формате 23andMe v3, а также файл BAM, содержащий только Y-ДНК и мтДНК, для загрузки на YFull.

Спасибо за подсказку.
Сейчас попробую сгенерировать 23andMe v3 файл из ВАМ файла.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 126
  • Страна: ru
  • Рейтинг +70/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #398 : 25 Май 2019, 12:48:46 »
Продублирую здесь свое сообщение из другой темы, возможно, кому-то окажется полезным.

Ещё было бы иметь возможность делать объединённый файл для ГедМатч. Чтобы в одном файле объединялись панели 23эндМи, МайЭритидж, ФТДНА, Ансестри, ну и Ливинг (просто до кучи).
Чтобы с родными файлами этих компаний были максимальные оверлапы.
Программа WGS Extract использует для извлечения снипов в формате 23andMe v3 сторонний скрипт extract23, который позволяет извлекать из BAM-файла произвольный набор снипов, заданный в специальном файле. В комплекте со скриптом идет файл 23andMe_V3_hg19_ref.tab.gz с набором снипов 23andMe v3. Можно создать свой файл со своим набором. Например, здесь есть готовый файл с расширенным набором снипов (1 378 067 шт.), не знаю, каких конкретно компаний. Для его использования нужно скачать файлы combined_ref_hg19.tab.gz и combined_ref_hg19.tab.gz.tbi (вспомогательный индексный файл), положить их в папку WGSExtract\programs\extract23, затем в файле WGSExtract\programs\wgsextract\wgsextract.py заменить имя файла 23andMe_V3_hg19_ref.tab.gz на combined_ref_hg19.tab.gz (строка 153).

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34368
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2905/-45
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #399 : 25 Май 2019, 16:49:07 »
Спасибо большое ещё раз!
Сгенерирую новый файл по Вашему совету.

У меня такой вопрос: где можно скачивать самый последний дистрибутив WGS Extract?

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 126
  • Страна: ru
  • Рейтинг +70/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #400 : 26 Май 2019, 13:26:23 »
У меня такой вопрос: где можно скачивать самый последний дистрибутив WGS Extract?
Бета-версия была анонсирована в какой-то группе на фейсбуке. Может, evgivanov даст ссылку.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 299
  • Страна: ru
  • Рейтинг +106/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128286 (UKR)
  • мтДНК: U3a3b (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #401 : 12 Июнь 2019, 22:23:50 »
Здравствуйте.
Не могу найти адрес куда отправлять тест DanteLabs.
Подскажите пожалуйста.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34368
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2905/-45
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #402 : 12 Июнь 2019, 22:30:58 »
Здравствуйте.
Не могу найти адрес куда отправлять тест DanteLabs.
Подскажите пожалуйста.

Обратный адрес напечатан на коробочке, в которой Вы отошлёте свой образец.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 299
  • Страна: ru
  • Рейтинг +106/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128286 (UKR)
  • мтДНК: U3a3b (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #403 : 12 Июнь 2019, 22:33:55 »
Спасибо.
Но к сожалению на коробочке нет адреса.
Пришли из Голландии.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34368
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2905/-45
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #404 : 12 Июнь 2019, 22:51:18 »
Спасибо.
Но к сожалению на коробочке нет адреса.
Пришли из Голландии.

У меня пришли из Нью-Йорка с предоплатой в Италию.

Совсем, выходит, другой случай.

:(

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100