АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 169015 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Yury_kh

  • Сообщений: 4
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #195 : 27 Ноябрь 2018, 00:17:42 »
На сервисе Sequencing  можно из ВАМ сделать разные выходные форматы данных. Есть приложение, которое генерит файлы с указанными параметрами.

Хотел сделать файл в формате 23andme, чтобы загрузить в MyHeritage (для начала), я меня там есть аккаунт и дерево. Однако сделанный файл "не взялся", сайт говорит - нечитаемый формат. Подскажите пожалуйста, какие опции нужно выставить в конвертере? Ну или другими словами, какие особенности формата данных 23andme?

Заранее спасибо за помощь  :)


Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 20
  • Страна: us
  • Рейтинг +5/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #196 : 27 Ноябрь 2018, 05:37:09 »
В Интернете пишут, что по умолчанию Dante Labs делает выравнивание по hg19, и что надо заранее им писать и просить сделать выравнивание по hg38.

DanteLabs дают сырые данные в форме FASTQ и BAM, выравнивай под какой геном хочешь. Я заказывал и выравнивал сам.
ага, причем даже hg38 покрывает далеко не все вариации.
Вот, например, нашли еще 10%, которых нет в hg38  :o
https://arstechnica.com/science/2018/11/our-human-reference-genome-is-missing-a-lot-of-material/

Оффлайн Ksenia365

  • Сообщений: 40
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #197 : 27 Ноябрь 2018, 13:23:40 »
Тоже вчера заказал на пробу один тест, ничего не смог с собой поделать. Написали, что заказ будет обработан после 3 декабря.
заказала 21.11 сегодня уже получила пробирку

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-1
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Y35123
  • мтДНК: H1b2c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #198 : 27 Ноябрь 2018, 13:31:18 »
Тоже вчера заказал на пробу один тест, ничего не смог с собой поделать. Написали, что заказ будет обработан после 3 декабря.
заказала 21.11 сегодня уже получила пробирку
мне тоже писали что 3 декабря отправят хотя я 19.11 оплачивал

Оффлайн Kote

  • Сообщений: 169
  • Страна: ru
  • Рейтинг +209/-1
  • I1–VISTULA
  • Y-ДНК: I1-Y6351+
  • мтДНК: H6a1a2a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #199 : 27 Ноябрь 2018, 20:13:11 »
Мне сегодня таким вот текстом ответили: "Извините за задержку отправки. Ваш заказ будет выполнен в следующие несколько дней" Обнадёжили, короче...)

Оффлайн Ksenia365

  • Сообщений: 40
  • Страна: ru
  • Рейтинг +9/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #200 : 28 Ноябрь 2018, 13:18:35 »
заказала 21.11 сегодня уже получила пробирку
Интересно. А каким способом они отправили? Через DHL?
DHL

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 497
  • Страна: ru
  • Рейтинг +201/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y82720; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #201 : 28 Ноябрь 2018, 16:52:30 »
Полное секвенирование генома WGS - 169 евро в Данте. Распродажа в честь Черной Пятницы и заканчивается в понедельник.
А можно узнать, что с этими данными делать потом? В Гедматч и YFull загрузить получится?

Оффлайн Пашкевич Павел

  • Сообщений: 343
  • Страна: by
  • Рейтинг +227/-0
  • Y-ДНК: I1 -Y7477
  • мтДНК: H1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #202 : 28 Ноябрь 2018, 17:22:21 »
в yfull и на гедматч говорят тут можно закачать 8)

Оффлайн ankr21

  • Сообщений: 2256
  • Страна: ru
  • Рейтинг +551/-0
  • Y-ДНК: I1-L1302
  • мтДНК: U3b1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #203 : 28 Ноябрь 2018, 17:49:07 »
в yfull и на гедматч говорят тут можно закачать 8)
gedmatch genesis. В gedmatch не загрузится.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #204 : 28 Декабрь 2018, 19:58:59 »
В среду получил тестовый набор. Dante Labs ранее прислали по эл. почте предоплаченный ярлык для возврата UPS, но не удалось им воспользоваться. В UPS по телефону стали убедительно просить не пытаться отправлять через них какие-либо пробирки, с чем бы они ни были. Дескать, потребуется экспертиза вещества и множество документов без гарантий результата. В итоге отправил сегодня "Почтой России".
Ага, там в ярлыке ещё и описанием груза стоит страшное "ORAGENE GENOTEK". Поэтому даже не пытался звонить в UPS, тоже сегодня отправил коробку обычным мелким пакетом.

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 4079
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1584/-8
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #205 : 28 Декабрь 2018, 20:00:15 »
В среду получил тестовый набор. Dante Labs ранее прислали по эл. почте предоплаченный ярлык для возврата UPS, но не удалось им воспользоваться. В UPS по телефону стали убедительно просить не пытаться отправлять через них какие-либо пробирки, с чем бы они ни были. Дескать, потребуется экспертиза вещества и множество документов без гарантий результата. В итоге отправил сегодня "Почтой России".

а ко мне сообщение даже об отправке не пришло. наверное, пора письма писать...

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #206 : 28 Декабрь 2018, 20:07:39 »
а ко мне сообщение даже об отправке не пришло. наверное, пора письма писать...
Рекомендую :D. Мне вот выслали кит через несколько дней после письма в саппорт (может, конечно, и совпадение).

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #207 : 28 Декабрь 2018, 20:39:22 »
А что за коробку? Я положил пластиковый контейнер с пробиркой в конверт с пузырчатой пленкой.
Да просто картонную коробку, в которой всё это лежало. Она как раз в один из стандартных конвертов идеально входит.

Оффлайн Redline

  • Сообщений: 3
  • Страна: kz
  • Рейтинг +1/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #208 : 06 Январь 2019, 15:51:36 »
Всем доброго дня и с новым годом! Заказал полногеномное секвенирование у Dante Labs, доставили в Алматы (Казахстан) почтой Нидерландов, для обратной отправки выслали предоплаченый DHL return label в Италию, но локальный DHL отправлять биологический материал без спец.разрешения МинЗдрава отказывается (которое со слов представителя DHL выдается только локальным лабораториям, имеющим договор с той иносторанной лабораторией, куда вы отправляете биоматериал). В связи с этим появились вопросы:

1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?
2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?
3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   

Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 20
  • Страна: us
  • Рейтинг +5/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #209 : 06 Январь 2019, 18:39:55 »
1) Сколько может храниться слюна в пробирке? Нужны ли специальные условия храниения тип холодильника и т.п.?
2) Какими обходными логистическими путями вы отправляете пробирку со слюной зарубеж? Шапито?
3) Как-то можно переименовать содержимое посылки для легальной отправки или спрятать пробирку в другой предмет чтобы не вызвать подозрение?   
1) до 6 месяцев при температурах (-4ºF to 122ºF or -20ºC to 50ºC)
https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/202904560-Time-and-temperature-guidelines
2) большинство тут не запаривается и отправляет обычной почтой. через shipito надежнее будет.
3) можно написать plastic tubes для таможни. или sample plastic tubes

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.