АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 5116 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн karwiso

  • Сообщений: 25
  • Страна: 00
  • Рейтинг +13/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #15 : 15 Ноябрь 2017, 23:48:07 »
Я получил результаты WES (Whole Exome Sequencing).
Заняло 10 недель. Возможно сгрузить VCF файл.
Я добавил VCF  файл на GEDmatch Genesis. Для анализа могут быть использованы очень мало снипов. Пересечение с другими наборами только 16 тысяч - 60 тысяч снипов. Для генеалогии не следует делать WES, дешевле любой другой тест и даст больше информации.
Результаты полного секвенсирования (WGS) пока не пришли, но безусловно WGS полезнее WES.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 62
  • Рейтинг +28/-1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #16 : 28 Январь 2018, 12:33:15 »
На Anthrogenica появилась статистика по одному образцу из Dante Labs: https://anthrogenica.com/showthread.php?12075-Dante-Labs-(WGS)&p=338306&viewfull=1#post338306.

Прочитанных снипов 14,278,386. По мнению Джеймса Кэйна, автора поста, это наиболее выгодный тест для открытия новых снипов в Y-хромосоме. Хоть длина чтения и 100 пар, все же результаты выглядят прилично.  Пока нет более комментариев так как проанализирован только один образец... Учитывая возможные скидки до 300-400€, то тест весьма привлекателен.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #17 : 28 Январь 2018, 14:01:48 »
Пока нет более комментариев так как проанализирован только один образец...
в базе YFull девять образцов из Dante Lab

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 977
  • Страна: ru
  • Рейтинг +154/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397
  • мтДНК: V7a1?
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #18 : 29 Январь 2018, 13:02:19 »
И как они?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 62
  • Рейтинг +28/-1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #19 : 27 Февраль 2018, 18:17:18 »
Dante Labs обьявила о скидке на полногеномное секвенсирование WGS - 399 € до 31 марта.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #20 : 27 Февраль 2018, 18:26:08 »
Dante Labs обьявила о скидке на полногеномное секвенсирование WGS - 399 € до 31 марта.

Это не так.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 167
  • Страна: ru
  • Рейтинг +79/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #21 : 27 Февраль 2018, 19:02:39 »
Dante Labs обьявила о скидке на полногеномное секвенсирование WGS - 399 € до 31 марта.

Это не так.

А ведь всё-таки так, по крайней мере на их сайте:
https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genome-sequencing

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #22 : 27 Февраль 2018, 19:08:21 »
Хорошая, вроде, цена.       ::)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #23 : 27 Февраль 2018, 19:16:21 »
Скажу честно, не знаю пока, что с этим счастьем делать.

1. Болячки (генетические предрасположенности) меня не особо интересуют. Да, и понимания вероятностного характера предиктов имеется.

2. По игреку хватает продуктов а-ля БигИгрек (которые уже сделаны). Плюс коррекции от YSEQ.

Вся надежда только на поиск родичей по аутосомам. Но тут надо ждать, когда появится что-то вроде ГедМатч. Куда данные можно будет загружать, хотя бы для попарных сравнений.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #24 : 27 Февраль 2018, 19:17:22 »
Dante Labs обьявила о скидке на полногеномное секвенсирование WGS - 399 € до 31 марта.

Это не так.

А ведь всё-таки так, по крайней мере на их сайте:
https://www.dantelabs.com/collections/our-tests/products/whole-genome-sequencing

Да, теперь обновилось.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #25 : 27 Февраль 2018, 19:17:58 »
А вот если бы у меня ничего не было (типа, БигИгрека, или Y Elite и пр. подобного), то без сомнения брал бы именно этот тест по его нынешней скидочной цене.       8)

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 62
  • Рейтинг +28/-1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #26 : 27 Февраль 2018, 23:16:12 »
А вот если бы у меня ничего не было (типа, БигИгрека, или Y Elite и пр. подобного), то без сомнения брал бы именно этот тест по его нынешней скидочной цене.       8)

Да я вот БигИгрек и не делаю, делал через ДантеЛабс пару образцов. Думаю вот может заказать 2-3 теста для родственников в марте вместо BigY. Да и по моим результатам, все 111 маркеров из ФТДНА хорошо определяются в YFull по БАМу из Данте. Всётаки разница 10 миллинов SNP в BigY или 14 миллионов через Данте и ИФулл.

Может эксперты выскажутся? Как данные из Данте Лаб? Смущает и разница в геномах 37 и 38. Насколько это влияет на результаты?
« Последнее редактирование: 27 Февраль 2018, 23:22:58 от NathanS »

Оффлайн evgivanov

  • Сообщений: 217
  • Страна: ru
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP682+, YP1261+)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #27 : 28 Февраль 2018, 00:29:02 »

Да я вот БигИгрек и не делаю, делал через ДантеЛабс пару образцов. Думаю вот может заказать 2-3 теста для родственников в марте вместо BigY. Да и по моим результатам, все 111 маркеров из ФТДНА хорошо определяются в YFull по БАМу из Данте. Всётаки разница 10 миллинов SNP в BigY или 14 миллионов через Данте и ИФулл.

Может эксперты выскажутся? Как данные из Данте Лаб? Смущает и разница в геномах 37 и 38. Насколько это влияет на результаты?

500 в USD если заказывать в Штатах? Я так понимаю, что и mtDNA  получится вытащить из BAM/fastq или нет? Если да, то в сумме это даже дешевле, чем BigY + mtDNA с самыми большими скидками от ftdna

Оффлайн Remmo

  • Сообщений: 172
  • Страна: ru
  • Рейтинг +25/-0
  • Y-ДНК: R1-BY30764
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #28 : 28 Февраль 2018, 05:57:25 »

Да я вот БигИгрек и не делаю, делал через ДантеЛабс пару образцов. Думаю вот может заказать 2-3 теста для родственников в марте вместо BigY. Да и по моим результатам, все 111 маркеров из ФТДНА хорошо определяются в YFull по БАМу из Данте. Всётаки разница 10 миллинов SNP в BigY или 14 миллионов через Данте и ИФулл.

Может эксперты выскажутся? Как данные из Данте Лаб? Смущает и разница в геномах 37 и 38. Насколько это влияет на результаты?

500 в USD если заказывать в Штатах? Я так понимаю, что и mtDNA  получится вытащить из BAM/fastq или нет? Если да, то в сумме это даже дешевле, чем BigY + mtDNA с самыми большими скидками от ftdna
mtDNA имеете ввиду из BAM/fastq который дает Dante Labs или FTDNA? Если FTDNA  то оттуда данные mtDNA вырезатся перед выдачей.

Оффлайн evgivanov

  • Сообщений: 217
  • Страна: ru
  • Рейтинг +49/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP682+, YP1261+)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #29 : 28 Февраль 2018, 06:09:38 »
mtDNA имеете ввиду из BAM/fastq который дает Dante Labs или FTDNA? Если FTDNA  то оттуда данные mtDNA вырезатся перед выдачей.

которые дает Dante Labs. Про ftdna, что они вырезают mtDNA из bam, я знаю. Также ftdna не выдает fastq

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100