АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 169717 раз)

0 Пользователей и 5 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-1
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Y35123
  • мтДНК: H1b2c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1320 : 22 Август 2021, 12:22:05 »
Появились два фастку файла  каждый почти 43 и 45 гигабайта
Это старый или новый заказ? Для нового необычно. Проверьте количество гигабаз и длину чтения.
это чёрная пятница 2018
проверил сколько гигабаз
General
fastp version:   0.20.0 (https://github.com/OpenGene/fastp)
sequencing:   paired end (100 cycles + 100 cycles)
mean length before filtering:   100bp, 100bp
mean length after filtering:   99bp, 99bp
duplication rate:   1.522324%
Insert size peak:   169
Before filtering
total reads:   1.200351 G
total bases:   120.035065 G
Q20 bases:   117.714174 G (98.066489%)
Q30 bases:   110.535277 G (92.085823%)
GC content:   41.376500%
After filtering
total reads:   1.197105 G
total bases:   119.541681 G
Q20 bases:   117.342305 G (98.160160%)
Q30 bases:   110.235414 G (92.215045%)
GC content:   41.351952%
Filtering result
reads passed filters:   1.197105 G (99.729621%)
reads with low quality:   3.146072 M (0.262096%)
reads with too many N:   99.424000 K (0.008283%)
reads too short:   0 (0.000000%)

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-1
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Y35123
  • мтДНК: H1b2c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1321 : 01 Сентябрь 2021, 20:35:01 »
сделал выравнивание заняло 74 часа из fastq 46 и 48 г. получился бам 86 г.
« Последнее редактирование: 06 Сентябрь 2021, 18:12:44 от bulatv2 »

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-1
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Y35123
  • мтДНК: H1b2c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1322 : 05 Сентябрь 2021, 07:34:35 »
сравнение big y500 и dante labs
ftdna
Приватные SNPs (все):   20   
Наилучшее кач.:   12 (60,00%) [7 (35,00%) - наилучшее; 5 (25,00%) - приемлемое]   
INDELs:   1 (5,00%)   
Неоднозначное кач.:   7 (35,00%)   
Одно прочтение!:   0   
Плохое кач.:   0

dante labs
Приватные SNPs (все):   26   
Наилучшее кач.:   24 (92,31%) [22 (84,62%) - наилучшее; 2 (7,69%) - приемлемое]   
INDELs:   2 (7,69%)   
Неоднозначное кач.:   0   
Одно прочтение!:   0   
Плохое кач.:   0

Средняя глубина покрытия:   19,62X   
Усредн. глубина покрытия:   18X

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 238
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-1
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Y35123
  • мтДНК: H1b2c
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1323 : 07 Сентябрь 2021, 18:46:50 »
Кстати да, уже нельзя сделать новый заказ.
Надо посмотреть, как скачать от них сырые данные, мало ли что...

у меня уже не скачивается bam и fastq наверно только по запросу

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 594
  • Страна: af
  • Рейтинг +297/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1324 : 20 Сентябрь 2021, 22:25:51 »
Ребят, выручайте.

Кто-то уже выделял аутосомы из файлов Dante и успешно загружал их в FTDNA или Gedmatch?

Нужна возмездная помощь.

Год назад я сделал полногеномный тест дальнему родственнику по прямой мужской линии в Dante. Сделал сразу мапирование в YSEQ.
Тогда я и не думал за аутосомы, удовлетворившись Y и Мито. Да и кажется не было тогда успешных случаев загрузки аутосом.

А теперь такая оказия, протестированный скончался. И теперь для меня дело чести сохранить память о нём, загрузив его аутосомы в FTDNA, если не получится, то хотя бы в Gedmatch.

Читал, что некоторые проводят эту процедуру сами, даже инструкция есть. Но уверен, что мой старенький компьютер такое уже не потянет.

Достаточно ли имеющихся мапированных файлов в YSEQ или надо обращаться в Dante и пытаться восстановить исходные файлы?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1325 : 20 Сентябрь 2021, 22:55:14 »
Процедура очень простая. По сути самое сложно это установка программы - https://wgsextract.github.io/
Использовать можно как исходный Bam мэпированный в HG37 (это даже предпочтительно) так и вариант от YSEQ.
Процедура не требует серьезных мощностей ПК.

Оффлайн Saken

  • Сообщений: 464
  • Страна: kz
  • Рейтинг +287/-0
  • YFull: YF079031
  • Y-ДНК: C3d [C-Z33001], R1a [R-Y62055], C3x*
  • мтДНК: D4g1* & F1b & M10a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1326 : 15 Октябрь 2021, 15:27:25 »
Дантелабс у нас сейчас бабло косят пцр-тестами для несчастных отпускников, которых доят все кому не лень.

Лабораторию по Covid тестам 'дочку' Данте Лабз, Immensa Health Clinic, (временно) закрыли из-за липовых свыше 40тыс. ПЦР тестов.
Мда, безалаберность Данте, как и с WGS 30x, в ПЦР тестировании у меня не вызывает удивление.

Детали по ссылке:
https://dailymail.co.uk/news/article-10095025/amp/False-negatives-testing-site-Covid-sufferers-Berkshire-mistakenly-given-clear.html?espv=1

Оффлайн G-Man

  • Сообщений: 679
  • Страна: ru
  • Рейтинг +648/-1
  • Y-ДНК: G-Z6700
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1327 : 31 Октябрь 2021, 16:55:00 »
Продают теперь свой WGS под разными соусами



Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 594
  • Страна: af
  • Рейтинг +297/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1328 : 11 Ноябрь 2021, 11:19:39 »
Dante Labs продаëт свои наборы сейчас по 250€:
https://dantelabs.com/
С их американского сайта по 250$:
https://us.dantelabs.com/

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1329 : 11 Ноябрь 2021, 13:16:24 »
Рано)

Оффлайн Илья К

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1330 : 12 Ноябрь 2021, 23:43:48 »
Здравствуйте! Хочу воспользоваться скидкой Dantelabs на "LiveBetter Genome Test" за 250$
Но смущает информация размещённая в блоге https://nebula.org/blog/dante-labs-review/

ОБНОВЛЕНИЕ 2021 ГОДА : Dante Labs больше не дает клиентам возможность загружать файлы FASTQ или BAM. Поэтому предыдущие привилегии, такие как интеграция Promethease Dante Labs, больше не доступны. Как правило, клиенты больше не могут использовать свои результаты на многих сторонних сайтах анализа ДНК. Файлы VCF по-прежнему доступны.

В этой ветке есть уточнение участника SergM: надо купить бронзовую подписку ($5/месяц) и скачать файлы. Правда применительно к данным доступным в 2019,2020 годах.
Нужно ли уточнять в Dante Labs досупность FASTQ или BAM, или бронзовая  подписка точно решит проблему?
Ответ Dante Labs может прийти не быстро а акция закончится.
Спасибо!

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 594
  • Страна: af
  • Рейтинг +297/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1331 : 13 Ноябрь 2021, 01:51:43 »
В течении месяца или более ваши данные FASTO и BAM бесплатно будут доступны на сайте Dante Labs. После этого их скроют, оставив лишь VCF. Для возобновления пользования файлами вам потребуется оформить платную подписку по истечении которой файлы снова будут скрыты.

Оффлайн Andymeon

  • Сообщений: 1179
  • Страна: ru
  • Рейтинг +119/-5
  • Y-ДНК: R1a [CTS 3402+ Y2910+ YP310+]
  • мтДНК: H3i
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1332 : 13 Ноябрь 2021, 21:38:27 »
Надо быть конкретными лемингами что бы продолжать покупать у этих лохотронщиков  ::)

Оффлайн iliakan

  • Сообщений: 37
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1333 : 19 Ноябрь 2021, 23:46:31 »
Я смотрю в списке стран у Dante есть Россия.

Как там, нормально с доставкой?

Таможня не пытается срубить налог при стоимости теста более 200€ ?

P.S. Ну и вообще стоит у них брать? :) В плане качества теста.

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1202/-2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1334 : 19 Ноябрь 2021, 23:56:48 »
Я смотрю в списке стран у Dante есть Россия.

Как там, нормально с доставкой?

Таможня не пытается срубить налог при стоимости теста более 200€ ?

P.S. Ну и вообще стоит у них брать? :) В плане качества теста.

В Россию доставка не удалась. Качество очень сомнительное, варьирует от теста к теста и никак не получается это связать с качеством сбора образца. Не стоит брать.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.