АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 62282 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1245 : 27 Февраль 2020, 17:42:42 »
Как отмечается в этих статьях, 100 $ - это стоимость расходных материалов, а не цена для конечного потребителя.

По Nebula есть отдельная тема.

Оффлайн KetoDude

  • Сообщений: 20
  • Страна: us
  • Рейтинг +5/-0
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1246 : 27 Февраль 2020, 18:04:45 »
100 $ - это стоимость расходных материалов, а не цена для конечного потребителя.
а да, я запостил на радостях не читая  ;D
они говорят, что уронили цену расходников с $500 до $100. У BGI уже давно цена висела в $600 для конечного потребителя.

есть хорошие шансы, на обострение конкуренции и демпинг цен на WGS.
Особенно, если на этот рынок выйдут гиганты типа 23andme, которые сейчас переживают не лучшие времена - падение продаж, увольнение работников и тп

Оффлайн Томми

  • Сообщений: 205
  • Рейтинг +55/-0
  • Y-ДНК: I2a2b L38 S2606
  • мтДНК: H3f
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1247 : 27 Февраль 2020, 18:10:09 »
Вопрос, подхватил простуду, это никак не может повлиять на тест если его сдать во время болезни?

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 353
  • Страна: bz
  • Рейтинг +58/-6
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b DF98-S22069-FT22607
  • мтДНК: U5b1e1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1248 : 27 Февраль 2020, 19:39:37 »
Тоже сдавал простывшим. Трудно сказать, может и повлияло где-то, наверняка)

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1249 : 27 Февраль 2020, 20:47:02 »
Вопрос, подхватил простуду, это никак не может повлиять на тест если его сдать во время болезни?
Просто этот вирус так же будет секвенирован, в дополнение к постоянным вирусам (вроде герпеса). Больше ни на что не должно повлиять.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1250 : 28 Февраль 2020, 10:59:58 »
На CosmosID, кстати, есть отдельная категория "Respiratory Virus", так что, вероятно, можно будет узнать, что это был за вирус.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1251 : 28 Февраль 2020, 11:19:58 »
Вот мои 18 вирусов из категории обычных, не респираторных вирусов по данным CosmosID (в порядке относительного изобилия). Если здесь есть вирусологи, буду благодарен за комментарии.

Цитировать
Human betaherpesvirus 7
Lactococcus virus Sl4
Lactococcus virus CB13
Lactococcus virus ASCC191
Lactococcus virus bIL170
Rosellinia necatrix partitivirus 6
Lactococcus virus P008
Lactococcus virus CB14
Porcine stool-associated circular virus/BEL/15V010
Piscine myocarditis-like virus
Torque teno midi virus 2
Human betaherpesvirus 6B
Red clover cryptic virus 2
Lactococcus virus 712
Dill cryptic virus 2
Lactococcus virus Bibb29
Vicia cryptic virus
Lactococcus virus sk1

Оффлайн Томми

  • Сообщений: 205
  • Рейтинг +55/-0
  • Y-ДНК: I2a2b L38 S2606
  • мтДНК: H3f
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1252 : 28 Февраль 2020, 13:45:05 »
Вопрос, подхватил простуду, это никак не может повлиять на тест если его сдать во время болезни?
Просто этот вирус так же будет секвенирован, в дополнение к постоянным вирусам (вроде герпеса). Больше ни на что не должно повлиять.
Спасибо, ещё такой вопрос, на мтфулл понятно как залить результат теста, а можно ли залиться в общую базу Family Tree, что бы увидеть всех совпаденцев?

Оффлайн olegvin

  • Сообщений: 180
  • Страна: ua
  • Рейтинг +53/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92
  • мтДНК: H11a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1253 : 28 Февраль 2020, 20:14:53 »
Возникла мысль. Может, они лучше секвенируют тех, кто дал согласие? Они же тогда заинтересованы в клиническом качестве данных. Мне сделали с хорошим запасом по гигабазам. Или сейчас всем делают ровно 90 гигабаз, вне зависимости от согласия на исследования?

Заказывал в ноябре, сделали 91,96 GBases:

не особо запас :)
После этого по инструкции сделал «выравнивание» на usegalaxy. Получилось как-то так (в сравнении- было/стало):


В итоге WGSExtractBeta показывал:

После «выравнивания»:

Правда «выравнивание» попало как раз на регламентные работы на сайте. Вот теперь думаю что дальше делать ::)

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1254 : 28 Февраль 2020, 20:23:29 »
Заказывал в ноябре, сделали 91,96 GBases:
А соглашались на участие в исследованиях или нет?

После этого по инструкции сделал «выравнивание» на usegalaxy. Получилось как-то так (в сравнении- было/стало):
Результаты выравнивания некорректные. Что-то было сделано не так.

Оффлайн olegvin

  • Сообщений: 180
  • Страна: ua
  • Рейтинг +53/-0
  • Y-ДНК: R1a-Z92
  • мтДНК: H11a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1255 : 28 Февраль 2020, 21:07:55 »
А соглашались на участие в исследованиях или нет?
По умолчанию стояло участие, я не изменял ничего.

Результаты выравнивания некорректные. Что-то было сделано не так.
Так все делал как написано. На сайте до сих пор (после регламентных работ) какие-то ошибки показывает при попытке повторного запуска ???
Буду грузить на yfull бам от данте скорее всего. У них там с Y24032 все равно один с hg19.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1256 : 29 Февраль 2020, 15:27:50 »
Буду грузить на yfull бам от данте скорее всего. У них там с Y24032 все равно один с hg19.
Я бы не спешил. hg38 все же предпочтительнее. Вариантов выравнивания на hg38 много.

Например, можете опробовать облачную платформу BaseSpace Sequence Hub от Illumina. Там предоставляется тестовый период на месяц и бонусные кредиты iCredits для использования вычислительных мощностей.

В BaseSpace для выравнивания доступны различные приложения. Прежде всего, DRAGEN Germline от Illumina и DRAGEN Germline Pipeline от Edico Genome (оригинальный разработчик платформы DRAGEN, которого впоследствии купила Illumina). Оба приложения за счет аппаратного ускорения генерируют BAM (вместе с VCF-файлами) за 40-45 минут. В этом суть DRAGEN. Также есть традиционный BWA Aligner от BaseSpace Labs, но он вряд ли имеет смысл.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 353
  • Страна: bz
  • Рейтинг +58/-6
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b DF98-S22069-FT22607
  • мтДНК: U5b1e1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1257 : 29 Февраль 2020, 17:17:14 »
У меня hg19. В yfull сказали результаты высокие. Ну как высокие, средняя глубина игрека 12.4x, усредненная 11x. Всего 4 непрочитанных снипа. 24 неоднозначных снипа(вот теперь гадаю окажется ли какой-то неоднозначный снип из важныx) На общем фоне прочитанных снипов это капля в море. Думаю по снипам все будет зер гуд(анализ образца еще идет) А вот стры да, разочаровывают.
780   
Надежные аллели:   687 (88,08%)   
Неоднозначные аллели:   39 (5,00%)   
Не секв.:   54 (6,92%)
Почти 7% несеквенированных стр, вместе с неоднозначными это потеря целых 93 стр!
То есть hg38 должно значительно улучшить эти показатели?

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +235/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1258 : 29 Февраль 2020, 18:10:52 »
Надежные аллели:   687 (88,08%)
Неоднозначные аллели:   39 (5,00%)
Не секв.:   54 (6,92%)
Результаты хорошие, hg38 их сильно не должен изменить.

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1156
  • Страна: ua
  • Рейтинг +653/-5
    • r1b-pf7562.blogspot.com
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1259 : 29 Февраль 2020, 18:41:14 »
У меня hg19. В yfull сказали результаты высокие. Ну как высокие, средняя глубина игрека 12.4x, усредненная 11x.

Высокие, а могли быть ещё выше:

Т.е. в версии hg38 YFull может найти новые приватные SNP, может ли это повлиять на терминальный субклад?
hg38 де-факто лучше hg19. Лучше маппирование на "грязных" участках, в связи с этим, там где иногда в hg19 ничего нет, кроме артефактов, в hg38 можно увидеть нормальный SNP. Стоит отметить, что статистически таких случаев мало, так же как и случаев нахождения новых приватных SNPs. Если есть выбор что грузить, то лучше hg38. Если заказ уже сделан и оплачен, то ничего не могу сказать насчет целесообразности апгрейда. Я например не делал для себя, хотя исходник перегнал в hg38.

У меня hg38:

Средняя глубина покрытия:   15,56X   
Усредн. глубина покрытия:   14X

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100