АвторТема: Компания Dante Labs  (Прочитано 57645 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36264
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3320/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1200 : 15 Февраль 2020, 23:04:47 »
После 80 часов отработки - остановил программу.    :-\

Не уверен, что WGS Extractor вообще работает с long reads данными.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36264
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3320/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1201 : 15 Февраль 2020, 23:05:55 »
На том же самом компьютере, с той же самой программой, WGS данные свёрстывало в аутосомный файл где-то часа за 3-4.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36264
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3320/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1202 : 15 Февраль 2020, 23:21:58 »
Написал письмо непосредственно в ГедМатч.
Может насоветуют чего.

::)

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +234/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1203 : 16 Февраль 2020, 03:10:55 »
Не уверен, что WGS Extractor вообще работает с long reads данными.
Под капотом используется samtools mpileup, который формально поддерживает длинные чтения, пусть и не учитывает их специфику.

Можно попробовать запустить для небольшого количества снипов, оставив в файле шаблона строк 100. Просто чтобы оценить скорость обработки.

Например, для формата FTDNA v2 файл шаблона:
...\WGSExtract\programs\extract23\raw_file_templates\body\FTDNA_V2.csv

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36264
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3320/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1204 : 16 Февраль 2020, 03:14:30 »
Спрошу с наглой простотой (той самой, что хуже воровства).      :-X

А не посмотрите, пожалуйста, мой файл? (Я бы Вам отправил имя пользователя и пароль в YSEQ.)    ::)


У Вас и техника, и опыт.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +234/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1205 : 16 Февраль 2020, 04:00:25 »
К сожалению, сейчас у меня нет для этого технических возможностей. Даже чтобы просто в буквальном смысле его посмотреть, то есть скачать.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36264
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3320/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1206 : 16 Февраль 2020, 05:52:50 »
К сожалению, сейчас у меня нет для этого технических возможностей. Даже чтобы просто в буквальном смысле его посмотреть, то есть скачать.

Извините. Как-то много попросил.     :-X

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +139/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1207 : 18 Февраль 2020, 17:01:47 »
Создатель https://ydna-warehouse.org/ анонсировал своё будущее Y дерево, пока ранняя альфа выглядит так:


Пока думают запустить бесплатно для постящих, для этого надо сильно убыстрить алгоритмы им.
Если запустят - может будет удобно.
(вообще у меня лично мнение об этом сайте довольно отрицательное, но может дерево они осилят всё-таки)

Оффлайн Arthwr

  • Сообщений: 1140
  • Страна: ua
  • Рейтинг +631/-5
    • r1b-pf7562.blogspot.com
  • Y-ДНК: R1b-PF7563
  • мтДНК: K1c1e
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1208 : 19 Февраль 2020, 11:58:09 »
Статистика по моему WGS от Данте, выравненному на hg38 в YSEQ:






Оффлайн Томми

  • Сообщений: 201
  • Рейтинг +53/-0
  • Y-ДНК: I2a2b L38 S2606
  • мтДНК: H3f
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1209 : 20 Февраль 2020, 06:50:11 »
Наконец то мой комплект идёт ко мне, 4 месяца простоя, думаю Данте ошиблись, открыв свое представительство в Италии, к примеру Ливинг ДНК имеет филиал в Дании, все работает как часы, а тут сплошное раздолбайство

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 197
  • Страна: ru
  • Рейтинг +52/-0
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Z92(YP682+)
  • мтДНК: H1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1210 : 20 Февраль 2020, 17:35:11 »
Появились два фастку файла  каждый почти 43 и 45 гигабайта, и ещё другие файлы у меня bam 90 г.
« Последнее редактирование: 20 Февраль 2020, 23:23:33 от bulatv2 »

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +234/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1211 : 20 Февраль 2020, 18:44:12 »
Появились два фастку файла  каждый почти 43 и 45 гигабайта
Это старый или новый заказ? Для нового необычно. Проверьте количество гигабаз и длину чтения.

Оффлайн bulatv2

  • Сообщений: 197
  • Страна: ru
  • Рейтинг +52/-0
  • ftdna: 468412
  • Y-ДНК: R1a-Z92(YP682+)
  • мтДНК: H1b2
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1212 : 20 Февраль 2020, 18:52:11 »
Появились два фастку файла  каждый почти 43 и 45 гигабайта
Это старый или новый заказ? Для нового необычно. Проверьте количество гигабаз и длину чтения.
это чёрная пятница 2018

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +234/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1213 : 20 Февраль 2020, 18:57:16 »
это чёрная пятница 2018
Так и понял. Поздравляю, что наконец дождались результатов.

Оффлайн rmk

  • Сообщений: 281
  • Страна: ru
  • Рейтинг +234/-30
Re: Компания Dante Labs
« Ответ #1214 : 20 Февраль 2020, 18:59:24 »
Статистика по моему WGS от Данте, выравненному на hg38 в YSEQ:
Очень прилично. Примерно как у mdn от двух объединенных тестов.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100