Новый кит прошел обработку, Sequencing Started 23 января, файлы появились сегодня ночью.
Сам кит был новый Isohelix, cо сроком годности до 2023 года.
Чётко 90.3 гигабаз.
Немного обидно, я надеялся, что мне как-то повезёт, и выдадут больше 100 хотя бы.
В BAM от самих Dante -
54% mapped чтений, то есть на самом 49 гигабаз и примерно 16х-17х.
Зубы почищенные, рот прополощен, полчаса выждано, качественно взболтана бутылочка с житкостью, что еще им надо??? Человек тот же, который за неделю до этого 95% mapped получил.
(хотел получить 60х, ну вот 45х видимо будет
)
При самостоятельном выравнивании minimap2 на глаз как раз примерно половина unmapped.
Вроде есть инструкция, как можно попробовать определить эту бактерию - наверное попробую.
Отчёт fastp:
Summary
Generalfastp version: 0.20.0 (
https://github.com/OpenGene/fastp)
sequencing: paired end (151 cycles + 151 cycles)
mean length before filtering: 147bp, 147bp
mean length after filtering: 147bp, 147bp
duplication rate: 6.305746%
Insert size peak: 261
Before filteringtotal reads: 611.488130 M
total bases: 90.389334 G
Q20 bases: 88.050328 G (97.412298%)
Q30 bases: 83.898663 G (92.819207%)
GC content: 42.854954%
After filteringtotal reads: 607.427852 M
total bases: 89.713981 G
Q20 bases: 87.597616 G (97.640987%)
Q30 bases: 83.526238 G (93.102811%)
GC content: 42.818564%
Filtering resultreads passed filters: 607.427852 M (99.336001%)
reads with low quality: 3.855382 M (0.630492%)
reads with too many N: 23.206000 K (0.003795%)
reads too short: 181.690000 K (0.029713%)