Генетическая идентификация погибших в годы войны

[kardes]

Опознаны останки американского летчика, погибшего в день высадки союзников в Нормандии

[Evgeny Kolchugin]

В 2016-2017 годах  обнаружили в деревне Лескино 79 воинов из лыжбата 29 ГвСД. Батальон 23 февраля 1943 года прорвался через линию фронта и не получив подкрепления вызвал огонь на себя. Из 79 найденных удалось опознать только одного. Мы знаем имена пропавших без вести в Лескино, и начали поиск родственников всех участников боя. Нашли около 60 семей. В ходе эксгумации отобрали образцы для выделения ДНК - зубы бойцов. Можно сделать анализ ДНК и установить имена. Но процедура эта не из дешевых. Несколько раз подавались на гранты.
И вот сегодня подвели итоги еще одного конкурса. Дали гранты на Серию фан-ран забегов в честь 75-летия Победы, на Чемпионат духовного развития, на патриотический квест и многие другие отличные проекты. Нам не дали. Ну ладно. Наверно для государства в «Год памяти и славы» важнее другие проекты. А зубы наверно весной прикопаем на братской могиле где похоронены лыжники...

По данному проекту есть предложение от одной авторитетной российской лаборатории провести исследование, включающее аутосомный тест на основе 27 STR маркеров, с построением профиля в едином формате как для останков, так и для современников, чтобы их можно было сравнивать и делать выводы о родстве. Поскольку в GEDmatch эти данные разместить не получится, будет создана локальная БД, которую в дальнейшем можно будет дополнять как современниками, так и «останками».

Данное предложение было сформировано с учётом финансовых возможностей заказчика. Хотелось бы узнать мнение посвящённых лиц насчёт практических перспектив данного подхода. Мне кажется, 27 аутосомных маркеров будут чрезвычайно быстро размываться при увеличивающейся дальности родства. Можно ли ожидать надёжных результатов в ситуации, когда для идентификации берутся внуки или более дальние родственники?

Альтернативное предложение от той же лаборатории (более дорогое) - анализ с использование технологии NGS, включающий 200 аутосомных снипов и что-то около 40 снипов Y-хромосомы. Обещают высокую точность даже с сильно деградированной ДНК,  установление более далекого родства (прадедушки, двоюродные дедушки) и возможность загрузки результатов в базу GEDmatch. Вот последнее особенно интересно. Неужели 200 снипов хватит для загрузки в Гедматч?

[Farroukh]

Речь точно о 27 аутосомных маркёрах?
Может, там тема про игрек? Просто в данной ситуации он тоже целесообразен

[Evgeny Kolchugin]

Речь точно о 27 аутосомных маркёрах?
Может, там тема про игрек? Просто в данной ситуации он тоже целесообразен

Да, именно об аутосомных. Игрек можно добавить, но за дополнительные деньги. В этой ситуации NGS, пусть и подороже, выглядит привлекательнее, особенно если позволит добавляться в Гедматч. Есть ли какие-то критерии, позволяющие удостовериться, что формат результатов подойдёт для Гедматча?

[mdn]

Есть ли какие-то критерии, позволяющие удостовериться, что формат результатов подойдёт для Гедматча?

Gedmatch очень сильно ужесточил свою политику по приёму сторонних результатов.
Даже если у них (этой лаборатории) успешно загружались файлы полгода назад - это не означает, что gedmatch примет их сейчас.

[Evgeny Kolchugin]

Gedmatch очень сильно ужесточил свою политику по приёму сторонних результатов.
Даже если у них (этой лаборатории) успешно загружались файлы полгода назад - это не означает, что gedmatch примет их сейчас.

Но как узнать? Предполагаю, что нужно выяснить, каким чипом пользуется лаборатория, и запросить у Гедматча подтверждение.

[mdn]

аутосомный тест на основе 27 STR маркеров, с построением профиля в едином формате как для останков, так и для современников, чтобы их можно было сравнивать и делать выводы о родстве. Поскольку в GEDmatch эти данные разместить не получится, будет создана локальная БД, которую в дальнейшем можно будет дополнять как современниками, так и «останками».

Данное предложение было сформировано с учётом финансовых возможностей заказчика. Хотелось бы узнать мнение посвящённых лиц насчёт практических перспектив данного подхода. Мне кажется, 27 аутосомных маркеров будут чрезвычайно быстро размываться при увеличивающейся дальности родства. Можно ли ожидать надёжных результатов в ситуации, когда для идентификации берутся внуки или более дальние родственники?

Пример такого анализа родства (с произвольного сайта вырезал). Там итоговый результат - люди родственники 99.9999%.


На английском описание: https://en.wikipedia.org/wiki/Combined_DNA_Index_System

[FELIX]

Такой анализ работает хорошо с близкими родственниками. А как найти близких неизвестного солдата? Большие базы данных по аутосомным маркерам есть в Штатах и Китае, как я понял. Возможно "big data" тут как-то и поможет, но у нас такой системы нет и не предвидится, а в третьем и четвертом поколении, действительно, результаты "размываются".