АвторТема: что значит "генетическая дистанция" по ФТДНА?  (Прочитано 4381 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн aldoshaАвтор темы

  • Сообщений: 75
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2/-1
  • Y-ДНК: R-Y1392
  • мтДНК: H10e3; по отцу I1a1a3
Здравствуйте!
По тесту Y-67 в списке совпаденцев на сайте ФТДНА у меня генетическая дистанция (Genetic Distance) с двумя совпаденцами 5 и 7 (у одного был тест Y-111, у второго - Y-67). Подскажите, пожалуйста, о чем говорят цифры этой дистанции и насколько далёкий у нас общий возможный предок?


UPD Официальная позиция FTDNA о соотношении генетической дистанции и времени жизни общего предка (TMRCA), выраженному в поколениях (с учетом вероятности):
https://www.familytreedna.com/learn/y-dna-testing/y-str/two-men-share-surname-genetic-distance-111-y-chromosome-str-markers-interpreted/
« Последнее редактирование: 03 Октябрь 2019, 20:05:17 от Шад »

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8722
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2087/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Здравствуйте!
По тесту Y-67 в списке совпаденцев на сайте ФТДНА у меня генетическая дистанция (Genetic Distance) с двумя совпаденцами 5 и 7 (у одного был тест Y-111, у второго - Y-67). Подскажите, пожалуйста, о чем говорят цифры этой дистанции и насколько далёкий у нас общий возможный предок?
5 шагов на 67 маркёрах - не менее 18 поколений
7 шагов на 67 маркёрах - не менее 26 поколений
http://forum.molgen.org/index.php/topic,6540.msg222414.html#msg222414

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 376
  • Страна: ru
  • Рейтинг +105/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
А бывает такое, что при увеличении количества маркеров количество "шагов" не увеличивается? Ну, например, 2 шага на 12 маркерах так и остаются 2 шагами на 111?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11263
  • Страна: az
  • Рейтинг +2015/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
А бывает такое, что при увеличении количества маркеров количество "шагов" не увеличивается? Ну, например, 2 шага на 12 маркерах так и остаются 2 шагами на 111?
Если это ближайшие родственники, то изредка (1 случай из 1000) такое бывает.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 376
  • Страна: ru
  • Рейтинг +105/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
А чисто теоретически? Почему генетическая дистанция, выраженная в количестве шагов, не может сохраняться с увеличением количества маркеров? Разница по маркерам выявляется случайным образом, или СТР-маркеры образуют собственное филогенетическое древо и тестируются в определённом порядке, начиная от корня?

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2524
  • Страна: ru
  • Рейтинг +758/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
А чисто теоретически? Почему генетическая дистанция, выраженная в количестве шагов, не может сохраняться с увеличением количества маркеров? Разница по маркерам выявляется случайным образом, или СТР-маркеры образуют собственное филогенетическое древо и тестируются в определённом порядке, начиная от корня?

мутация  - это случайное событие. Вероятность того, что случайные события будут совпадать по двум нисходящим линиям на большом числе маркеров и на большом числе поколений , будет более, чем ничтожно малой;D

Оффлайн FELIX

  • Сообщений: 2524
  • Страна: ru
  • Рейтинг +758/-3
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Разница по маркерам выявляется случайным образом, или СТР-маркеры образуют собственное филогенетическое древо и тестируются в определённом порядке, начиная от корня?

А вот снипы действительно "идут от одного корня". Поэтому маркеры (STR) и снипы - это совершенно разные "инструменты" (с т.з. генеалогических целей).

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11263
  • Страна: az
  • Рейтинг +2015/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Цитировать
Почему генетическая дистанция, выраженная в количестве шагов, не может сохраняться с увеличением количества маркеров?
Может. Если речь о близких родственниках.
Цитировать
Разница по маркерам выявляется случайным образом
Разница по маркёрам выявляется арифметическим образом при сравнении хотя бы двух гаплотипов.
« Последнее редактирование: 20 Июнь 2017, 12:04:07 от Farroukh »

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 376
  • Страна: ru
  • Рейтинг +105/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Разница по маркёрам выявляется арифметическим образом при сравнении хотя бы двух гаплотипов.
Тогда что такое "шаг"? Он соответствует арифметической разнице в количестве несовпадающих маркеров или высчитывается с помощью формул? Формула может меняться в зависимости от того, сколько гаплотипов включено в сравнение?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11263
  • Страна: az
  • Рейтинг +2015/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Цитировать
Тогда что такое "шаг"?
Разность по модулю между аллелями.
Цитировать
Формула может меняться в зависимости от того, сколько гаплотипов включено в сравнение?
Нет

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 376
  • Страна: ru
  • Рейтинг +105/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Цитировать
Формула может меняться в зависимости от того, сколько гаплотипов включено в сравнение?
Нет
Тогда что означает "Разница по маркёрам выявляется арифметическим образом при сравнении хотя бы двух гаплотипов"?

Оффлайн gecube_ru

  • Сообщений: 1005
  • Страна: ru
  • Рейтинг +165/-0
  • Незнайка на Луне
  • Y-ДНК: I-A6397 -> I-FGC79161
  • мтДНК: V7a1?
Цитировать
Формула может меняться в зависимости от того, сколько гаплотипов включено в сравнение?
Нет
Тогда что означает "Разница по маркёрам выявляется арифметическим образом при сравнении хотя бы двух гаплотипов"?
чтобы посчитать разницу, очевидно, что нужно МИНИМУМ два гаплотипа.
Что такое гаплотип? По сути кортеж (массив, tuple - называйте как хотите) : [значение_маркера_1, значение_маркера_2 ... значение_маркера_Н].
Разницу можно считать по-разному. Как по количеству неодинаковых маркеров у двух протестированных, так и в количестве шагов, с помощью которых гаплотип 1 можно превратить в гаплотип 2.
Цитировать
Почему генетическая дистанция, выраженная в количестве шагов, не может сохраняться с увеличением количества маркеров?
Она может сохраняться. А может не сохраняться. Зависит от того какие маркеры отличаются в гаплотипе 1 и гаплотипе 2.
Пример 1. Имеется два человека, у которых 12 первых маркеров одинаковы, а разница в оставшихся маркерах.
Пример 2. Имеется два человека, у которых различны 5 маркеров из 12 первых, а остальные одинаковы.
Посчитайте разницу в зависимости от того, сколько маркеров для сравнения мы берем.
Цитировать
Разница по маркерам выявляется случайным образом, или СТР-маркеры образуют собственное филогенетическое древо и тестируются в определённом порядке, начиная от корня?
И да, и нет. Поясню. Очень многие пытаются строить деревья по STR. Но т.к. STR мутируют случайным образом и их выборка маленькая (всего 111 в лучшем случае), то и точность построения дерева низкая. Более того - STR может мутировать как в одну сторону, так и в другую, что может приводить к возвратным мутациям, т.е. у далекого предка STR = xx, потом у потомков yy и у современных потомков потомков - xx опять. И Если не угадать с построением дерева, то вот последних потомков можно "пришить" не к той ветке. Поэтому дерево, построенное по STR может не отображать действительность от слова совсем.
SNP НАМНОГО точнее. Вплоть до того, что можно выделить Ваши персональные семейные SNP. Естественно, идет двойная проверка - и по количеству образцов, и по STR данным. Т.е. общее дерево постоянно уточняется и улучшается.
« Последнее редактирование: 20 Июнь 2017, 16:26:13 от gecube_ru »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11263
  • Страна: az
  • Рейтинг +2015/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Чтобы всякий раз не писать диссертацию, даю ссылку на собственную аналогичную тему 8-летней давности:
Генетические расстояния
« Последнее редактирование: 20 Июнь 2017, 18:21:11 от Farroukh »

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 376
  • Страна: ru
  • Рейтинг +105/-0
  • Y-ДНК: R1a-YP5814; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
чтобы посчитать разницу, очевидно, что нужно МИНИМУМ два гаплотипа.
Ага, без пруда не вытянешь и рыбку из него. Понятно ;)

Пример 2. Имеется два человека, у которых различны 5 маркеров из 12 первых, а остальные одинаковы.
Значит ли это, что в подобном случае генетическая дистанция при добавлении маркеров будет пересчитана в сторону уменьшения? И с увеличением количества маркеров могут появиться новые совпаденцы, не выявленные ранее?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 11263
  • Страна: az
  • Рейтинг +2015/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Цитировать
в подобном случае генетическая дистанция при добавлении маркеров будет пересчитана в сторону уменьшения?
Совершенно верно. Разница в 5 шагов на 37 маркёрах - это 30 поколений, а 5 шагов на 67 маркёрах - уже 18 поколений,
Цитировать
И с увеличением количества маркеров могут появиться новые совпаденцы, не выявленные ранее?
В теории да. На практике если у людей сильно разнятся уже первые панели, то дистанция скорее всего будет расти.

Вот у вас R1a. На 12 маркёрах у вас наверняка сотни совпаденцев, на 25 - уже десятки, на 37 - дай бог единицы. С увеличением длины гаплотипа близких родственников становится меньше, ибо на других панелях у людей тоже сидят мутации.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100