L550->S9378

[Lesla]

Одна из последних из выявленных ветвей у субклада L550. Маркируется снипом S9378
В YFull представлена этими образцами:
YF010962=620986 (Björkås)
YF086008=846788 (DeVoe)
YF068579=? (?)
YF008692=233613 (Karlsson)
YF066561=IN22228 (Fogelquist)
YF014014=630025 (Matsson)
YF012991=654807 (Stenberg)
YF076857=571011 (Hukkanen)
YF019214=493296 (Mikkola)
YF012213=757693 (Zwara)
YF008969=461344 (Pettersson)
YF093912=651867 (Enberg)
YF010681=610166 (Semenov)
YF015094=B258976 (Lehtonen)
YF064486=MI22886 (Karen)
YF094038=204528 (Nikitin)

Субклад в YFull:
https://www.yfull.com/tree/N-S9378/

[Lesla]

Снип S9378 доступен в YSEQ.
Был протестирован там у 204528 Nikitin: S9378+
Оттуда же у него:
Y9455-
CTS337- (Y20911), CTS5886-
Y7795-
FGC14542-, FGC14540-, FGC14546-
Y4342-, Y4338-
L1025-

[Lesla]

Также еще один Big Y на подходе - был заказан 610166 Semenov.

[Lesla]

Также еще один Big Y на подходе - был заказан 610166 Semenov.

Big Y готов. S9378 подтвердился.
Будем думать над интерпретацией в YFull, выявлением новеллей, оформлением их в YSEQ и проверкой их у 204528 Nikitin. Надеюсь будет выявлена "русская" ветвь S9378.

[Lesla]

Еще какой-то S9378, из списка матчей Big Y - Mr. Eriksson N-S9378 Paternal: Erik Olofsson Björkås, ca 1711-1772, Göteborg

[Lesla]

Также еще один Big Y на подходе - был заказан 610166 Semenov.

Big Y готов. S9378 подтвердился.
Будем думать над интерпретацией в YFull

YF10681 в YFull

[Lesla]

Итак, интерпретация YF10681 в YFull завершена. У 610166 Semenov выявлено 13 новеллей.

Две новелли встречаются у других образцов в других гаплогруппах:
19163489 G-A. Она даже уже имела свое сниповое название - A9856
13850727 T-G. Ей тоже дали название - A18228.

Еще девять новеллей в YSEQ проименовали:
A18222 6893488 A-C
A18223 8084313 C-T
A18224 8639277 T-C
A18225 15793052 G-T
A18227 8221315 C-T
A18229 18176966 T-C
A18231 22187300 T-G
A18232 23254345 G-A
A18233 19304545 C-T

Две новелли в YSEQ "забраковали":
A18226 4460652 C-T 99.2% X + 90272315 90273321 1007*
A18230 22107591 A-T high repetive dinucleotide sequence*

[Lesla]

204528 Nikitin (S9378+) заказаны в YSEQ снипы:
A9856, A18228, A18222, A18223, A18224, A18225, A18227, A18229, A18231, A18232, A18233.

[Lesla]

204528 Nikitin (S9378+) заказаны в YSEQ снипы:
A9856, A18228, A18222, A18223, A18224, A18225, A18227, A18229, A18231, A18232, A18233.

Так как A9856 уже был в линейке заказов, то его быстро сделали.
A9856+

[Lesla]

Еще какой-то S9378, из списка матчей Big Y - Mr. Eriksson N-S9378 Paternal: Erik Olofsson Björkås, ca 1711-1772, Göteborg

Он загрузил свои данные в YFull - YF10962
Желаю ему успеха!

[Centurion]

A18226 4460652 C-T 99.2% X + 90272315 90273321 1007*
A18230 22107591 A-T high repetive dinucleotide sequence*

первая была маркирована "Н" - это гомология
второй норм снип, там динукл кусок далеко, но для сангера может и не подходит, так как они берут протяженные сегменты. имхо осторожничают просто

[Lesla]

YFull обновило древо до версии 5.06. В ветви есть изменения!

[Lesla]

Образовался новый подуровень, куда вошли Петерсон, Семенов и мой Никитин (на древе YFull не представлен)
Новый узел образовывается из снипов: BY21942, Y36282, BY21946, BY21951, Z5042, BY21950, BY21957, BY21947, BY21955, Z4923, BY21945, BY21954, BY21948, Y36281

[Lesla]

Есть результаты из YSEQ по проверке приватных снипов Семенова (610166), извлеченных YFull из его Big Y, у моего Никитина (204528):

A9856+
A18222 A-
A18223 C-
A18224 T-
A18225 T+
A18227 C-
A18228 T-
A18229 T-
A18231 T-
A18232 A+
A18233 T+

Итого получилось 4 положительных/общих снипов. И 7 снипов в минусе, оставшихся приватными у Семенова.
Под ветвью BY21942 образуется новая веточка, маркируемая снипами: A9856, A18225, A18232, A18233.

[Lesla]